Missioni Secondariecourse¶
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Riepilogo del corso
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Le Missioni Secondarie sono mini-corsi di formazione indipendenti che approfondiscono argomenti specifici di Nextflow.
Ogni missione secondaria può essere seguita in modo indipendente, in qualsiasi ordine, per sviluppare le competenze nelle aree più rilevanti per i propri progetti. Nel loro insieme, coprono le competenze necessarie per passare da pipeline semplici a flussi di lavoro pronti per la produzione.
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Informazioni aggiuntive
Requisiti tecnici
Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.
Obiettivi di apprendimento
- Configurare un ambiente di sviluppo Nextflow produttivo
- Applicare pattern di scripting avanzati per trasformazioni di dati complesse
- Gestire e propagare i metadati attraverso flussi di lavoro multi-step
- Suddividere e raggruppare canali di dati per l'elaborazione parallela e seriale
- Testare i flussi di lavoro Nextflow usando nf-test
- Comporre pipeline complesse da moduli di flusso di lavoro riutilizzabili con nome
- Lavorare in modo efficiente con i file usando le operazioni sui file di Nextflow
- Eseguire il debug sistematico dei problemi comuni nei flussi di lavoro
- Usare e creare plugin per Nextflow
Destinatari e prerequisiti
- Destinatari: Questa raccolta è pensata per chi ha completato il corso per principianti Hello Nextflow e vuole approfondire argomenti specifici.
- Competenze: Si presuppone esperienza con la linea di comando e familiarità con i concetti e gli strumenti di base di Nextflow.
- Corsi: È necessario aver completato Hello Nextflow o equivalente.
Sfoglia per Argomento¶
Se è la prima volta che segui uno dei nostri corsi di formazione, inizia dalla pagina Per iniziare per una panoramica dell'ambiente di formazione e dei materiali. Altrimenti, sentiti libero di immergerti direttamente nella missione che ti chiama.
| Missione Secondaria | Sommario | Tempo Stimato |
|---|---|---|
| Strumenti e Trucchi per Sviluppatori | ||
| Ambiente di Sviluppo | Configurare un ambiente di sviluppo Nextflow locale e produttivo | 45 minuti |
| Risoluzione dei Problemi nei Flussi di Lavoro | Identificazione e correzione degli errori comuni nei flussi di lavoro | 1 ora |
| Pattern di Scripting Essenziali | Tecniche di scripting avanzate per le sfide comuni nei flussi di lavoro | 90 minuti |
| Approfondimenti sul Dataflow | ||
| Elaborazione dell'Input di File | Gestione dei file, operazioni sui path e organizzazione degli output | 45 minuti |
| Metadati e Meta Map | Utilizzo delle meta map per tracciare e propagare le informazioni sui campioni | 45 minuti |
| Suddivisione e Raggruppamento | Tecniche per suddividere e raggruppare i canali di dati | 45 minuti |
| Architettura Modulare in Azione | ||
| Flussi di Lavoro di Flussi di Lavoro | Composizione di pipeline complesse da moduli di flusso di lavoro riutilizzabili con nome | 30 minuti |
| L'Universo Esteso di Nextflow | ||
| Test con nf-test | Scrittura ed esecuzione di test per i flussi di lavoro Nextflow | 1 ora |
| Sviluppo di Plugin | Utilizzo e creazione di plugin per Nextflow | 3 ore |