Usare nf-corecourse¶
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Riepilogo del corso
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Usare nf-core è un'introduzione pratica alla ricerca, all'esecuzione e alla configurazione delle pipeline della community nf-core.
Attraverso esempi pratici ed esercizi guidati, imparerete a trovare e recuperare le pipeline nf-core, a eseguirle usando i loro profili di test integrati e a personalizzarne l'esecuzione tramite parametri e file di configurazione.
Acquisirete le competenze e la sicurezza necessarie per iniziare a eseguire pipeline nf-core nelle vostre analisi.
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Informazioni aggiuntive
Requisiti tecnici
Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.
Obiettivi di apprendimento
- Trovare, recuperare ed eseguire pipeline della community nf-core
- Configurare l'esecuzione della pipeline usando parametri e file di configurazione
- Capire come le pipeline nf-core validano i parametri e i dati di input
- Eseguire una pipeline su scala produttiva (nf-core/rnaseq) e sovrascrivere le sue allocazioni di risorse predefinite
Destinatari e prerequisiti
- Pubblico: Questo corso è pensato per chi sa già eseguire pipeline Nextflow in locale, è alle prime armi con nf-core e vuole eseguire pipeline della community già esistenti.
- Competenze: Si presuppone una certa familiarità con la riga di comando, concetti base di scripting e i formati di file più comuni.
- Corsi: È necessario aver completato Nextflow Run o comunque essere a proprio agio nell'eseguire una pipeline locale con
nextflow run. - Dominio: Gli esercizi utilizzano pipeline bioinformatiche, ma non è richiesta alcuna conoscenza scientifica pregressa.
Panoramica del corso¶
Questo corso è pratico, con esercizi orientati agli obiettivi e strutturati per introdurre le informazioni in modo graduale.
Inizierete con nf-core/demo, una pipeline minimale mantenuta dal progetto nf-core a scopo formativo, per poi applicare quanto appreso a nf-core/rnaseq, una pipeline di produzione ampiamente utilizzata per l'analisi del sequenziamento RNA bulk.
Questo corso si concentra sull'esecuzione delle pipeline. Se cercate un'introduzione allo sviluppo di pipeline compatibili con nf-core, consultate Build with nf-core.
Piano delle lezioni¶
| Capitolo del corso | Sommario | Durata stimata |
|---|---|---|
| Parte 1: Eseguire una pipeline demo | Trovare e recuperare una pipeline nf-core ed eseguirla usando il suo profilo di test | 20 min |
| Parte 2: Configurare l'esecuzione della pipeline | Impostare i parametri, capire la validazione e personalizzare l'allocazione delle risorse e gli argomenti degli strumenti | 20 min |
| Parte 3: Eseguire una pipeline di produzione | Scaricare ed eseguire nf-core/rnaseq e sovrascrivere le sue allocazioni di risorse predefinite | 20 min |
Al termine di questo corso, sarete in grado di sfruttare la ricchezza di pipeline della community offerte dal progetto nf-core.
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