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Riepilogo del corso

Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti

Congratulazioni per aver completato il corso di formazione Nextflow Run!

Il tuo percorso

Hai iniziato con un workflow molto basilare, e hai imparato a eseguirlo e trovare i suoi output. Poi, hai eseguito versioni sempre più realistiche di quella pipeline: elaborando più input da un file CSV in parallelo, usando -resume per saltare il lavoro già completato, e usando container per gestire il software da cui dipende una pipeline. Successivamente, hai imparato come personalizzare la configurazione di una pipeline usando nextflow.config e i profili, e come controllare dove e come vengono pubblicati i suoi output. Dopo di ciò, hai imparato come generare report di esecuzione, ispezionare la cronologia delle esecuzioni passate e ripulire le vecchie directory di lavoro. Infine, hai imparato come eseguire pipeline direttamente da repository remoti come GitHub.

Competenze acquisite

Attraverso questo corso pratico, hai imparato come:

  • Lanciare un workflow Nextflow localmente e trovare i suoi output
  • Eseguire una pipeline multi-step che elabora più input in parallelo
  • Usare -resume per evitare di ripetere il lavoro già completato
  • Usare container per gestire le dipendenze software
  • Configurare pipeline usando nextflow.config e i profili
  • Personalizzare dove e come vengono pubblicati gli output
  • Generare un report di esecuzione HTML con -with-report e una timeline di esecuzione con -with-timeline
  • Ispezionare la cronologia delle esecuzioni passate con nextflow log
  • Ripulire le vecchie directory di lavoro con nextflow clean
  • Eseguire una pipeline direttamente da un repository remoto, e bloccarla a una revisione specifica (e sbloccarla di nuovo) per la riproducibilità

Ora sei equipaggiato con le conoscenze fondamentali per iniziare a integrare le pipeline Nextflow esistenti nel tuo lavoro.

Prossimi passi per sviluppare le tue competenze

Ecco i nostri migliori suggerimenti su cosa fare dopo:

Oppure, se sei pronto a smettere di eseguire Nextflow e iniziare a scriverlo, diventa uno sviluppatore Nextflow con Hello Nextflow.

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