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Parte 1: Lanciare pipeline dall'interfaccia web

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In questa parte del corso Scale with Seqera, configurerete l'accesso a Seqera Platform e lancerete una pipeline di scala produttiva dall'interfaccia web.

Assicuratevi che la vostra directory di lavoro sia impostata su seqera-scale/ come indicato nella pagina Getting started.

1. Iniziare con Seqera

Seqera fornisce una piattaforma completa per lanciare, monitorare e gestire pipeline Nextflow. Questa sezione vi guida attraverso la registrazione e l'orientamento iniziale prima di eseguire la vostra prima pipeline.

1.1. Registrarsi per un account gratuito

Andate su cloud.seqera.io e create un account gratuito. Potete registrarvi usando il vostro indirizzo email, GitHub o le credenziali Google.

Un account gratuito vi offre:

  • Workspace personale: il vostro spazio per aggiungere pipeline, configurare ambienti di calcolo e gestire le esecuzioni
  • Accesso al Community Showcase: una raccolta curata di pipeline nf-core e della community con impostazioni preconfigurate e dati di esempio

Consultate la documentazione di Seqera per una panoramica completa dei livelli di account e delle funzionalità disponibili.

1.2. Esplorare il Community Showcase

Prima di lanciare le vostre pipeline, dedicate qualche minuto a esplorare il Community Showcase. Vi offre un'anteprima realistica di come appare la Platform con pipeline e dati reali.

  1. Accedete su cloud.seqera.io.
  2. Nella barra laterale sinistra, cliccate su Showcase.
  3. Sfogliate le pipeline disponibili — riconoscerete diverse pipeline nf-core dal corso Use nf-core.
  4. Cliccate su una pipeline per visualizzarne la configurazione e le impostazioni di lancio.
  5. Cliccate su Runs per esplorare le cronologie delle esecuzioni di esempio, inclusi i dettagli a livello di attività e i report delle esecuzioni precedenti.

Si tratta di una vista in sola lettura, ma vi mostra come funziona l'interfaccia prima di eseguire qualsiasi cosa voi stessi.

1.3. Accedere a un workspace con capacità di calcolo

Per lanciare pipeline è necessario un workspace con un ambiente di calcolo configurato.

Seqera supporta due modi per fornire capacità di calcolo:

  • Connettere la propria infrastruttura: AWS, Azure, Google Cloud e scheduler HPC (SLURM, LSF, PBS e altri). Consultate la documentazione sugli ambienti di calcolo per le guide alla configurazione.
  • Seqera Compute: un servizio gestito che fornisce ambienti di calcolo pre-provisioning su AWS, a pagamento, senza necessità di configurare un account cloud. Potete attivarlo direttamente dalle impostazioni del vostro workspace.

Formazione di gruppo: Se state partecipando a una sessione di formazione di gruppo, potreste essere stati aggiunti a un'organizzazione e a un workspace che ha già la capacità di calcolo configurata. Il vostro istruttore vi fornirà il nome dell'organizzazione, il nome del workspace e qualsiasi altro dettaglio necessario.

Lavoro autonomo: Se state seguendo questa formazione da soli, dovrete configurare un ambiente di calcolo nel vostro workspace personale utilizzando una delle opzioni sopra indicate. I crediti gratuiti per provare Seqera Compute sono disponibili su richiesta.

Nota

Il resto di questo corso presuppone che abbiate accesso a un workspace con un ambiente di calcolo configurato. Se siete in una sessione di formazione di gruppo, il vostro istruttore confermerà quale workspace e ambiente di calcolo utilizzare.

Takeaway

Avete un account Seqera, avete esplorato il Community Showcase e siete in grado di accedere a un workspace con capacità di calcolo.

Cosa c'è dopo?

Lanciare una pipeline RNA-seq di scala produttiva dall'interfaccia web di Seqera Cloud.

2. Lanciare nf-core/rnaseq dall'interfaccia web

Come illustrato in Use nf-core, la pipeline nf-core/rnaseq è una pipeline curata dalla community per l'analisi di dati di sequenziamento RNA bulk.

In questa sezione, aggiungerete la pipeline al vostro workspace, lancerete un'esecuzione e monitorerete la sua esecuzione.

2.1. Aggiungere la pipeline al vostro workspace

Convenientemente, nf-core/rnaseq fa parte di una raccolta curata di pipeline che possono essere aggiunte al vostro workspace in pochi clic tramite il servizio Seqera Pipelines.

Vi mostreremo come aggiungere le vostre pipeline più avanti in questo corso.

  1. Navigate su Seqera Pipelines per sfogliare la raccolta della community.
  2. Cercate rnaseq e selezionate nf-core/rnaseq.
  3. Cliccate su Launch Pipeline o scorrete fino in fondo alla pagina fino alla sezione Launch Pipeline.
  4. Assicuratevi di essere connessi e selezionate i valori appropriati dai menu a tendina Organizations, Workspace e Compute Environment. Suggerimento per i gruppi: Se state usando un workspace condiviso, aggiungete un identificatore univoco (come il vostro nome utente) al nome della pipeline.
  5. Cliccate su Add pipeline to your Seqera account

Apparirà una finestra con il messaggio: Pipeline added: View Pipeline. Cliccando sul link verrete portati alla voce della pipeline nel vostro launchpad.

La pipeline è ora elencata nel pannello Launchpad del vostro workspace ed è pronta per essere lanciata.

2.2. Lanciare la pipeline

Cliccate sul pulsante Launch della pipeline, nel pannello Launchpad o nella pagina dei dettagli della pipeline. Questo apre l'interfaccia di configurazione.

La pipeline è già configurata con il profilo test, quindi i dati di input, la directory di output e il riferimento genomico sono già precompilati. Per ora potete ignorare il resto dei parametri e le impostazioni avanzate.

Cliccate sul pulsante blu Launch per avviare effettivamente l'esecuzione.

2.3. Monitorare l'esecuzione

Dopo il lancio, verrete portati al pannello Runs della vostra pipeline.

La vista dell'esecuzione mostra:

  • Status: lo stato attuale dell'esecuzione (submitted, running, succeeded, failed)
  • Command line: il comando nextflow run esatto che Platform ha costruito e inviato
  • Parameters: tutti i valori dei parametri utilizzati per questa esecuzione
  • Tasks: una tabella di ogni chiamata di processo, con stato, durata e utilizzo delle risorse

Cliccate su qualsiasi riga di attività per ispezionarne i dettagli di esecuzione, tra cui:

  • Lo script .command.sh che è stato eseguito
  • I log stdout e stderr
  • Le metriche di CPU, memoria e I/O

La scheda Reports mostrerà un report MultiQC una volta completata l'esecuzione, aggregando le metriche di controllo qualità su tutti i campioni.

Ci vorrà un po' di tempo per completarsi, quindi per ora continuiamo e torneremo più avanti a esaminare gli output e così via.

Takeaway

Sapete come aggiungere una pipeline a un workspace Seqera, configurare e lanciare un'esecuzione, e monitorare l'esecuzione su larga scala.

Cosa c'è dopo?

Passate alla Parte 2, dove imparerete a fare tutto questo dalla riga di comando usando la CLI tw.

In questa parte avete imparato a:

  • Registrarsi per un account Seqera ed esplorare il Community Showcase
  • Aggiungere una pipeline dal catalogo curato, lanciare un'esecuzione di scala produttiva e monitorarne l'esecuzione