Configure Executioncourse¶
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Riepilogo del corso
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Configure Execution è un'introduzione pratica all'adattamento dell'esecuzione di pipeline Nextflow a diversi ambienti di calcolo.
Attraverso esercizi orientati agli obiettivi, imparerete a cambiare tecnologia di packaging software, selezionare una piattaforma di esecuzione, controllare l'allocazione delle risorse di calcolo e i tentativi di ripetizione, e raggruppare la configurazione in profili intercambiabili.
Acquisirete le competenze e la sicurezza per configurare l'esecuzione di pipeline Nextflow come dei professionisti.
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Informazioni aggiuntive
Requisiti tecnici
Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.
Obiettivi di apprendimento
- Passare da una tecnologia di packaging software a un'altra tra Docker e Conda
- Selezionare una piattaforma di esecuzione e capire come Nextflow adatta l'esecuzione delle attività
- Controllare l'allocazione delle risorse di calcolo e riprovare automaticamente le attività che falliscono
- Definire e combinare profili per passare tra configurazioni predefinite
Destinatari e prerequisiti
- Pubblico: Questo corso è pensato per chi sa già come lanciare pipeline Nextflow in locale e vuole configurare l'esecuzione in modo più approfondito.
- Competenze: È richiesta una certa familiarità con la riga di comando.
- Corsi: È necessario aver completato Nextflow Run o comunque essere a proprio agio nell'eseguire una pipeline locale con
nextflow run.
Panoramica del corso¶
Questo corso è pratico e si basa sulle competenze acquisite in Nextflow Run.
Prenderete la stessa pipeline multi-step di quel corso e ne adatterete progressivamente la configurazione a diversi ambienti di calcolo, per poi raggruppare tutto in profili tra cui potrete passare in fase di esecuzione.
Piano delle lezioni¶
| Capitolo del corso | Sommario | Durata stimata |
|---|---|---|
| Parte 1: Adattarsi all'ambiente di calcolo | Cambiare tecnologia di packaging software e selezionare una piattaforma di esecuzione | 20 min |
| Parte 2: Gestire le risorse di calcolo e i fallimenti | Controllare l'allocazione delle risorse e riprovare automaticamente le attività che falliscono | 15 min |
| Parte 3: Usare i profili per cambiare configurazione | Definire e combinare profili, e ispezionare la configurazione completamente risolta | 15 min |
Al termine di questo corso, sarete a vostro agio nel configurare pipeline Nextflow per una serie di ambienti di calcolo e nel passare da uno all'altro con il minimo sforzo.
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