Nextflow Runcourse¶
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Riepilogo del corso
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Nextflow Run è un'introduzione pratica all'esecuzione di workflow di analisi dati riproducibili e scalabili.
Lavorando attraverso una serie di esercizi orientati agli obiettivi, imparerai i fondamenti dell'avvio e della gestione di pipeline Nextflow, capirai come i canali e gli operatori abilitano l'elaborazione parallela di input multipli, e utilizzerai i container per gestire le dipendenze software.
Acquisirai le competenze e la sicurezza per iniziare a eseguire workflow con Nextflow.
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Informazioni aggiuntive
Requisiti tecnici
Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.
Obiettivi di apprendimento
- Avviare e gestire pipeline Nextflow dalla linea di comando
- Capire come i canali e gli operatori abilitano flussi di lavoro multi-input e multi-step efficienti
- Usare i container per gestire le dipendenze software e garantire la riproducibilità
- Configurare l'esecuzione della pipeline e gli output
- Generare report di esecuzione, ispezionare la cronologia delle esecuzioni passate e pulire le vecchie directory di lavoro
- Eseguire pipeline direttamente da repository remoti come GitHub
Destinatari e prerequisiti
- Pubblico: Questo corso è progettato per chi è completamente nuovo a Nextflow e vuole eseguire pipeline esistenti.
- Competenze: Si assume una certa familiarità con la linea di comando, concetti base di scripting e formati di file comuni.
- Dominio: Gli esercizi sono tutti indipendenti dal dominio, quindi non è richiesta alcuna conoscenza scientifica pregressa.
Panoramica del corso¶
Questo corso è pratico, con esercizi orientati agli obiettivi strutturati per introdurre le informazioni gradualmente.
Eseguirai diverse versioni di una pipeline Nextflow che elabora input di testo, partendo da una semplice versione a singolo step e progredendo verso una versione multi-step che prende un file CSV di input, esegue alcuni step di trasformazione, e produce un singolo file di testo contenente ASCII art generata da uno strumento containerizzato.
Questo corso si concentra sull'esecuzione di pipeline (dal nome del comando principale nextflow run).
Se cerchi un'introduzione allo sviluppo di pipeline Nextflow, consulta Hello Nextflow.
Nota
Stai cercando la versione precedente di questo corso? È stata sostituita dalla versione in questa pagina, ma è ancora consultabile nella release 3.6.1 del sito di formazione.
Piano delle lezioni¶
| Capitolo del corso | Riepilogo | Durata stimata |
|---|---|---|
| Parte 1: Eseguire Nextflow | Avviare e gestire pipeline Nextflow, e comprendere i meccanismi essenziali del flusso di lavoro | 25 min |
| Parte 2: Configurare la pipeline | Configurare l'esecuzione della pipeline e gli output usando nextflow.config |
20 min |
| Parte 3: Gestire le esecuzioni del workflow | Generare report di esecuzione, ispezionare la cronologia delle esecuzioni passate e pulire le vecchie directory di lavoro | 10 min |
| Parte 4: Eseguire pipeline remote | Eseguire una pipeline direttamente da GitHub e bloccarla a una revisione specifica | 10 min |
Al termine di questo corso, sarai ben preparato per affrontare i prossimi passi nel tuo percorso verso l'esecuzione di workflow riproducibili per le tue esigenze di calcolo scientifico.
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