Riepilogo del corso¶

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Congratulazioni per aver completato il corso di formazione Use nf-core! 🎉

Il vostro percorso¶

Avete iniziato trovando e recuperando la pipeline nf-core/demo, poi avete imparato a eseguirla usando il suo profilo di test ed esaminarne gli output. Successivamente, avete configurato la sua esecuzione tramite parametri della pipeline e file di configurazione, e avete visto come le pipeline nf-core validano i parametri e i dati di input. Infine, avete applicato le stesse competenze a nf-core/rnaseq, una pipeline su scala produttiva, e avete imparato come sovrascrivere le allocazioni di risorse predefinite per adattarle all'hardware a vostra disposizione.

Cosa avete imparato¶

Siete ora in grado di trovare, recuperare, eseguire e configurare le pipeline nf-core.

Le pipeline nf-core vengono recuperate con nextflow pull e seguono un'organizzazione del codice standard.
Ogni pipeline nf-core include un profilo test per una rapida validazione su un piccolo dataset.
I parametri della pipeline (impostati tramite --param_name o -params-file) e la configurazione (impostata tramite -c) hanno scopi diversi: input e opzioni di analisi da un lato, logistica di esecuzione come l'allocazione delle risorse dall'altro.
Le pipeline nf-core validano automaticamente i parametri e i file di input, intercettando gli errori prima che venga eseguita qualsiasi operazione.
I valori predefiniti delle risorse vengono assegnati tramite label (process_low, process_medium, process_high) definiti in conf/base.config, che potete sovrascrivere con un file di configurazione personalizzato.

Competenze acquisite¶

Attraverso questo corso pratico, avete imparato come:

Trovare una pipeline nf-core sul sito nf-co.re e recuperarne il codice sorgente
Eseguire una pipeline usando il suo profilo di test integrato ed esaminarne gli output
Ottenere aiuto, impostare parametri e comprendere la validazione dei parametri e dell'input
Personalizzare l'allocazione delle risorse e gli argomenti degli strumenti tramite file di configurazione
Recuperare ed eseguire una pipeline su scala produttiva, e sovrascrivere i suoi label di risorse predefiniti

Siete ora dotati delle conoscenze fondamentali per iniziare a eseguire le pipeline nf-core per le vostre analisi.

Prossimi passi per sviluppare le vostre competenze¶

Ecco i nostri principali suggerimenti su cosa fare dopo:

Lanciate e monitorate queste pipeline su larga scala con Scale with Seqera
Non limitatevi a eseguire le pipeline nf-core, sviluppatele! Imparate le best practice di nf-core con Build with nf-core
Siete nuovi a Nextflow? Iniziate con Nextflow Run
Applicate Nextflow a un caso d'uso di analisi scientifica con Nextflow for Science
Esplorate funzionalità più avanzate di Nextflow con le Side Quests

Ottenere aiuto¶

Per risorse di supporto e assistenza dalla community, consultate la pagina di aiuto.

Sondaggio di feedback¶

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