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Scala con Seqeracourse

  • Riepilogo del corso

    Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti

    Scala con Seqera è un'introduzione pratica al lancio e al monitoraggio di pipeline Nextflow con Seqera Platform.

    Attraverso esempi concreti, imparerete a configurare l'accesso a Seqera Platform, a lanciare una pipeline su scala produttiva sia dall'interfaccia web che dalla riga di comando, e ad aggiungere una nuova pipeline al vostro workspace.

    Acquisirete le competenze e la sicurezza necessarie per eseguire e monitorare le vostre pipeline su Seqera Platform.

  • Informazioni aggiuntive

    Requisiti tecnici

    Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.

    Obiettivi di apprendimento
    • Registrarsi su Seqera Platform ed esplorare la Community Showcase
    • Aggiungere una pipeline a un workspace e lanciarla dall'interfaccia web
    • Autenticarsi e lanciare pipeline dalla riga di comando con la CLI tw
    • Registrare una pipeline ospitata su GitHub e lanciarla in entrambi i modi
    Destinatari e prerequisiti
    • Pubblico: Questo corso è pensato per chi vuole eseguire pipeline Nextflow su larga scala usando Seqera Platform.
    • Competenze: Si assume familiarità con l'esecuzione di pipeline nf-core dalla riga di comando.
    • Corsi: È necessario aver completato Nextflow Run e Use nf-core, oppure avere già dimestichezza con l'esecuzione di pipeline locali e con nf-core/rnaseq.

Panoramica del corso

Questo corso è pratico e si basa sulle pipeline che avete già eseguito in Use nf-core.

Inizierete registrandovi su Seqera Platform e lanciando nf-core/rnaseq, una pipeline su scala produttiva, dall'interfaccia web. Poi passerete allo strumento a riga di comando tw per fare lo stesso da un terminale, e infine registrerete una nuova pipeline, nf-core/demo, e la lancerete in entrambi i modi.

Piano delle lezioni

Capitolo del corso Sommario Durata stimata
Parte 1: Lanciare pipeline dall'interfaccia web Configurare l'accesso a Seqera Platform e lanciare una pipeline su scala produttiva dall'interfaccia web 20 min
Parte 2: Lanciare pipeline dalla riga di comando Autenticare la CLI tw, lanciare una pipeline salvata e registrare una nuova pipeline dalla riga di comando 25 min

Al termine di questo corso, sarete in grado di lanciare e monitorare pipeline Nextflow su Seqera Platform con sicurezza, sia dall'interfaccia web che dalla riga di comando.

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