Hello Nextflowcourse¶
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Riepilogo del corso
Traduzione assistita da IA - scopri di più e suggerisci miglioramenti
Hello Nextflow è un'introduzione pratica alla costruzione di workflow di analisi dati riproducibili e scalabili.
Attraverso esempi pratici ed esercizi guidati, imparerete i fondamenti dello sviluppo di pipeline con Nextflow, incluso come definire processi, connetterli in pipeline, gestire file e dipendenze software, parallelizzare l'esecuzione senza sforzo ed eseguire workflow in diversi ambienti di calcolo.
Acquisirete le competenze e la sicurezza per iniziare a sviluppare e eseguire i vostri workflow con Nextflow.
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Informazioni aggiuntive
Requisiti tecnici
Avrai bisogno di un account GitHub OPPURE di un'installazione locale di Nextflow. Consulta Opzioni ambiente per maggiori dettagli.
Obiettivi di apprendimento
- Launch and manage execution of Nextflow workflows
- Find and interpret outputs (results) and log files generated by Nextflow
- Troubleshoot basic issues
- Build a simple multi-step workflow from core Nextflow components
- Distinguish between essential types of channel factories and operators and utilize them effectively in a simple workflow
- Configure pipeline execution to run on common computing platforms including HPC and cloud
- Apply best practices for reproducibility, portability and code re-use that make pipelines FAIR, including code modularity and software containers
Destinatari e prerequisiti
- Audience: This course is designed for learners who are completely new to Nextflow and want to develop their own pipelines.
- Skills: Some familiarity with the command line, basic scripting concepts and common file formats is assumed.
- Domain: The exercises are all domain-agnostic, so no prior scientific knowledge is required.
Video del corso
Sono disponibili video per ogni capitolo, in cui un istruttore lavora attraverso gli esercizi. Il video di ogni parte del corso è incorporato nella parte superiore della pagina corrispondente.
Panoramica del corso¶
Questo corso è progettato per essere pratico, con esercizi orientati agli obiettivi strutturati per introdurre le informazioni gradualmente.
Svilupperete una semplice pipeline Nextflow che prende alcuni input di testo, esegue alcuni passaggi di trasformazione e produce un singolo file di testo contenente un'immagine ASCII di un personaggio che dice il testo trasformato.
Piano delle lezioni¶
Per evitare di sovraccaricarvi con concetti e codice, abbiamo suddiviso questo in sei parti che si concentreranno ciascuna su aspetti specifici dello sviluppo di pipeline con Nextflow.
| Capitolo del corso | Riepilogo | Durata stimata |
|---|---|---|
| Parte 1: Hello World | Componenti e principi di base coinvolti nell'assemblaggio e nell'esecuzione di un workflow Nextflow | 30 min |
| Parte 2: Hello Channels | Utilizzo di canali e operatori per elaborare input e parallelizzare l'esecuzione senza sforzo | 45 min |
| Parte 3: Hello Workflow | Utilizzo dei canali per concatenare più step e gestire il trasferimento di dati tra gli step | 60 min |
| Parte 4: Hello Modules | Applicazione dei principi di modularità del codice per aumentare la riusabilità e ridurre l'onere di manutenzione | 20 min |
| Parte 5: Hello Containers | Utilizzo dei container come meccanismo per gestire le dipendenze software e aumentare la riproducibilità | 60 min |
| Parte 6: Hello Config | Personalizzazione del comportamento della pipeline e ottimizzazione dell'utilizzo in diversi ambienti computazionali | 60 min |
Al termine di questo corso, sarete ben preparati per affrontare i prossimi passi nel vostro percorso per sviluppare workflow riproducibili per le vostre esigenze di calcolo scientifico.
Pronti a seguire il corso?