Per iniziare¶

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Avvia un ambiente di formazione¶

Per utilizzare l'ambiente pre-costruito che forniamo su GitHub Codespaces, clicca sul pulsante "Open in GitHub Codespaces" qui sotto. Per altre opzioni, consulta Opzioni di ambiente.

Ti consigliamo di aprire l'ambiente di formazione in una nuova scheda o finestra del browser (usa clic destro, ctrl-clic o cmd-clic a seconda del tuo dispositivo) in modo da poter continuare a leggere mentre l'ambiente si carica. Dovrai tenere queste istruzioni aperte in parallelo per seguire il corso.

Nozioni base sull'ambiente¶

Questo ambiente di formazione contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per seguire il corso, quindi non devi installare nulla.

Il codespace è configurato con un'interfaccia VSCode, che include un esploratore del filesystem, un editor di codice e un terminale shell. Tutte le istruzioni fornite durante il corso (es. 'apri il file', 'modifica il codice' o 'esegui questo comando') si riferiscono a queste tre parti dell'interfaccia VSCode salvo diversa indicazione.

Se stai seguendo questo corso da solo, ti preghiamo di familiarizzare con le nozioni base sull'ambiente per ulteriori dettagli.

Requisiti di versione¶

Questo corso richiede Nextflow 25.10.2 o successivo, con il parser della sintassi v2 abilitato (impostazione predefinita dalla versione 25.10+). Se stai usando un ambiente locale o personalizzato, assicurati di utilizzare le impostazioni corrette come documentato qui.

Preparati al lavoro¶

Una volta che il tuo codespace è in esecuzione, ci sono due cose da fare prima di immergerti nella formazione: impostare la directory di lavoro e dare un'occhiata ai materiali forniti.

Imposta la directory di lavoro¶

Per impostazione predefinita, il codespace si apre alla radice di tutti i corsi di formazione. Per questo corso, cambia nella directory nextflow-run/:

cd nextflow-run/

Poi imposta VSCode per concentrarsi su questa directory, in modo che solo i file rilevanti vengano mostrati nella barra laterale dell'esploratore file:

code .

Suggerimento

Se per qualsiasi motivo esci da questa directory (es. il tuo codespace va in sospensione), puoi sempre usare il percorso completo per tornare, assumendo che tu stia eseguendo questo all'interno dell'ambiente di formazione di Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nextflow-run

Esplora i materiali forniti¶

Puoi esplorare i materiali del corso usando l'esploratore file sul lato sinistro, oppure con il comando tree. Esegui il seguente comando dal terminale per vedere la struttura completa:

tree . -L 2

Contenuto della directory

.
├── 1-hello.nf
├── 2-inputs.nf
├── data
│   ├── greetings-extended.csv
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

I file .nf sono script di workflow di complessità crescente, utilizzati in quest'ordine durante il corso.

La directory data/ contiene i file CSV di input che useremo a partire dalla sezione 2.

La directory modules/ contiene le definizioni dei processi utilizzate da main.nf.

Il file nextflow.config è un file di configurazione che imposta proprietà minime dell'ambiente. Puoi ignorarlo per ora; lo esamineremo nella sezione 4.

Checklist di preparazione¶

Pensi di essere pronto a iniziare?

Comprendo l'obiettivo di questo corso e i suoi prerequisiti
Il mio ambiente è attivo e funzionante
Ho impostato la mia directory di lavoro in modo appropriato

Se puoi spuntare tutte le caselle, sei pronto per partire.

Per continuare alla Parte 1: Eseguire Nextflow, clicca sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.