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Nextflow Training

  • Corsi in autonomia

    Benvenuti nel portale di formazione della community Nextflow!

    Seguite i corsi qui sotto al vostro ritmo, nel nostro ambiente web o nel vostro. Ogni corso è pratico, con esercizi orientati agli obiettivi che potete completare in modo indipendente.

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  • Eventi di formazione

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Traduzione assistita da IA

Questa traduzione è stata creata utilizzando l'intelligenza artificiale e revisionata da traduttori umani. Apprezziamo il vostro feedback e i suggerimenti per miglioramenti. Consultate la nostra guida alla traduzione per maggiori informazioni.

Catalog of Nextflow training courses

  • Per gli utenti

    Eseguire pipeline

    Imparate a eseguire pipeline esistenti senza scrivere codice.

    Nextflow Run: Eseguire pipeline con Nextflow

    Un'introduzione rapida all'esecuzione di pipeline Nextflow che non richiede la comprensione del codice. Copre il lancio delle pipeline, il recupero degli output, l'utilizzo dei container e la configurazione dell'esecuzione a livello base.

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    Use nf-core: Trovare ed eseguire pipeline curate dalla community

    Un'introduzione rapida alla ricerca, all'esecuzione e alla configurazione di pipeline del progetto community nf-core, partendo da una pipeline demo minimale per poi scalare fino a una pipeline di analisi a livello produttivo.

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    Scale with Seqera: Lanciare e monitorare pipeline su larga scala

    Un'introduzione pratica al lancio e al monitoraggio di pipeline Nextflow con Seqera Platform, sia dall'interfaccia web che dalla riga di comando.

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    Gestire l'esecuzione

    Imparate a gestire l'esecuzione delle pipeline in modo efficace.

    Configure Execution: Configurare risorse, tentativi ripetuti e profili di esecuzione

    Un'introduzione pratica alla configurazione dell'esecuzione di pipeline Nextflow: adattamento a diversi ambienti di calcolo, controllo delle allocazioni di risorse e dei tentativi ripetuti, e passaggio tra profili di configurazione predefiniti.

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    Altri argomenti in arrivo

    L'ottimizzazione delle prestazioni, l'esecuzione su HPC/cloud e altro ancora sono previsti per questa sezione. Votate su cosa trattare nella nostra breve sondaggio di interesse.

  • Per gli sviluppatori

    Scrivere pipeline

    Imparate a sviluppare le vostre pipeline Nextflow.

    Hello Nextflow: Sviluppare le proprie pipeline da zero

    Questo corso copre i componenti fondamentali del linguaggio Nextflow con un livello di dettaglio sufficiente per sviluppare pipeline semplici ma pienamente funzionali, oltre agli elementi chiave di progettazione, sviluppo e pratiche di configurazione delle pipeline.

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    Build with nf-core: Usare gli strumenti e le regole di nf-core

    Per gli sviluppatori Nextflow che desiderano imparare a sviluppare pipeline conformi a nf-core. Il corso copre la struttura delle pipeline nf-core con un livello di dettaglio sufficiente per sviluppare pipeline semplici ma pienamente funzionali che sfruttano il template nf-core e le best practice di sviluppo, nonché l'utilizzo di moduli nf-core esistenti.

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    Side Quests: Approfondire argomenti avanzati di Nextflow

    Una raccolta di mini-corsi autonomi pensati per gli sviluppatori Nextflow che desiderano ampliare le proprie competenze e/o approfondire argomenti specifici. Sono presentati in sequenza ma possono essere seguiti in qualsiasi ordine (vedere le dipendenze nella panoramica di ogni mini-corso).

    Sfoglia i Side Quests

    Nextflow per la Scienza

    Imparate a sviluppare pipeline Nextflow per applicazioni scientifiche specifiche.

    Genomics: Sviluppare una pipeline per il variant calling

    Un corso per ricercatori che desiderano imparare a sviluppare le proprie pipeline di genomica, utilizzando un caso d'uso di variant calling per illustrare i pattern di sviluppo Nextflow essenziali.

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    RNAseq: Sviluppare una pipeline per l'elaborazione di RNAseq bulk

    Un corso per ricercatori che desiderano imparare a sviluppare le proprie pipeline RNAseq, utilizzando un caso d'uso di elaborazione RNAseq bulk per illustrare i pattern di sviluppo Nextflow essenziali.

    Vedi la formazione

    Bioimaging: Eseguire e configurare pipeline di imaging

    Un corso per ricercatori che desiderano imparare a eseguire e configurare pipeline di bioimaging, utilizzando nf-core/molkart per illustrare i pattern d'uso Nextflow essenziali.

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