Missões Secundáriascourse¶
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Resumo do curso
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
As Missões Secundárias são mini-cursos de treinamento independentes que se aprofundam em tópicos específicos do Nextflow.
Cada missão secundária pode ser realizada de forma independente, em qualquer ordem, de acordo com seus interesses e necessidades.
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Informações adicionais
Requisitos técnicos
Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.
Objetivos de aprendizado
- Configurar e ajustar um ambiente de desenvolvimento Nextflow produtivo
- Aplicar padrões avançados de scripting para transformações de dados complexas
- Manipular e propagar metadados em fluxos de trabalho de múltiplas etapas
- Dividir e agrupar canais de dados para processamento paralelo e serial
- Testar fluxos de trabalho Nextflow usando nf-test
- Compor pipelines complexos a partir de módulos de fluxo de trabalho nomeados e reutilizáveis
- Trabalhar eficientemente com arquivos usando operações de arquivo do Nextflow
- Depurar problemas comuns de fluxo de trabalho de forma sistemática
- Usar e criar plugins para Nextflow
Público e pré-requisitos
- Público: Esta coleção é destinada a pessoas que concluíram o curso iniciante Hello Nextflow e desejam se aprofundar em tópicos específicos.
- Habilidades: Experiência com a linha de comando e familiaridade com conceitos básicos de Nextflow e suas ferramentas são assumidas.
- Cursos: É necessário ter concluído o Hello Nextflow ou equivalente.
Visão geral do curso¶
Se esta é a primeira vez que você explora as Missões Secundárias, comece pela página de Orientação para ter uma visão geral do ambiente de treinamento e dos materiais.
Missões Secundárias¶
| Missão Secundária | Resumo | Tempo Estimado |
|---|---|---|
| Ambiente de Desenvolvimento | Configure um ambiente de desenvolvimento Nextflow local e produtivo | 45 min |
| Padrões Essenciais de Scripting | Técnicas avançadas de scripting para desafios comuns em fluxos de trabalho | 90 min |
| Processamento de Arquivos de Entrada | Manipulação de arquivos, operações de caminho e organização de saídas | 45 min |
| Metadados e Meta Maps | Usando mapas de metadados para rastrear e propagar informações de amostras | 45 min |
| Divisão e Agrupamento | Técnicas para dividir e reagrupar canais de dados | 45 min |
| Testes com nf-test | Escrevendo e executando testes para fluxos de trabalho Nextflow | 1 hora |
| Depuração de Fluxos de Trabalho | Identificando e corrigindo erros comuns em fluxos de trabalho | 1 hora |
| Fluxos de Trabalho de Fluxos de Trabalho | Compondo pipelines complexos a partir de módulos de fluxo de trabalho nomeados e reutilizáveis | 30 min |
| Desenvolvimento de Plugins | Usando e criando plugins para Nextflow | 3 horas |
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