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Resumo do curso

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

Parabéns por concluir o curso de treinamento Use nf-core! 🎉

Sua jornada

Você começou encontrando e recuperando o pipeline nf-core/demo, depois aprendeu a executá-lo usando seu perfil de teste e a examinar suas saídas. Em seguida, você configurou sua execução por meio de parâmetros de pipeline e arquivos de configuração, e viu como os pipelines nf-core validam parâmetros e dados de entrada. Por fim, você aplicou essas mesmas habilidades ao nf-core/rnaseq, um pipeline em escala de produção, e aprendeu como substituir suas alocações de recursos padrão para se adequar ao hardware disponível para você.

O que você aprendeu

Agora você é capaz de encontrar, recuperar, executar e configurar pipelines nf-core.

  • Os pipelines nf-core são recuperados com nextflow pull e seguem uma organização de código padronizada.
  • Todo pipeline nf-core vem com um perfil test para validação rápida em um conjunto de dados pequeno.
  • Os parâmetros de pipeline (definidos via --param_name ou -params-file) e a configuração (definida via -c) têm finalidades diferentes: entradas e opções de análise versus logística de execução, como alocação de recursos.
  • Os pipelines nf-core validam parâmetros e arquivos de entrada automaticamente, detectando erros antes que qualquer trabalho seja realizado.
  • Os recursos padrão são atribuídos por meio de labels (process_low, process_medium, process_high) definidos em conf/base.config, que você pode substituir com um arquivo de configuração personalizado.

Habilidades adquiridas

Ao longo deste curso prático, você aprendeu como:

  • Encontrar um pipeline nf-core no site nf-co.re e recuperar seu código-fonte
  • Executar um pipeline usando seu perfil de teste integrado e examinar suas saídas
  • Obter ajuda, definir parâmetros e entender a validação de parâmetros e entradas
  • Personalizar a alocação de recursos e os argumentos de ferramentas por meio de arquivos de configuração
  • Recuperar e executar um pipeline em escala de produção, e substituir seus labels de recursos padrão

Agora você está equipado com o conhecimento fundamental para começar a executar pipelines nf-core em suas próprias análises.

Próximos passos para desenvolver suas habilidades

Aqui estão nossas principais sugestões sobre o que fazer a seguir:

Obtendo ajuda

Para recursos de ajuda e suporte da comunidade, consulte a página de Ajuda.

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