Parte 1: Executar pipelines pela interface web¶

Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

Nesta parte do curso Scale with Seqera, você vai configurar o acesso à Seqera Platform e executar um pipeline em escala de produção pela interface web.

Certifique-se de que seu diretório de trabalho está definido como seqera-scale/, conforme instruído na página Primeiros passos.

1. Primeiros passos com Seqera¶

A Seqera oferece uma plataforma abrangente para executar, monitorar e gerenciar pipelines Nextflow. Esta seção orienta você no processo de cadastro e familiarização antes de executar seu primeiro pipeline.

1.1. Crie uma conta gratuita¶

Acesse cloud.seqera.io e crie uma conta gratuita. Você pode se cadastrar usando seu endereço de e-mail, GitHub ou credenciais do Google.

Uma conta gratuita oferece:

Workspace pessoal: seu próprio espaço para adicionar pipelines, configurar ambientes de computação e gerenciar execuções
Acesso ao Community Showcase: uma coleção curada de pipelines nf-core e da comunidade, com configurações pré-definidas e dados de exemplo para execução

Consulte a documentação da Seqera para uma visão completa dos planos de conta e recursos disponíveis.

1.2. Explore o Community Showcase¶

Antes de executar seus próprios pipelines, reserve alguns minutos para explorar o Community Showcase. Ele oferece uma prévia realista de como a Platform funciona com pipelines e dados reais.

Faça login em cloud.seqera.io.
Na barra lateral esquerda, clique em Showcase.
Navegue pelos pipelines disponíveis — você vai reconhecer vários pipelines nf-core do curso Use nf-core.
Clique em um pipeline para ver sua configuração e as opções de execução.
Clique em Runs para explorar o histórico de execuções de exemplo, incluindo detalhes por tarefa e relatórios de execuções anteriores.

Esta é uma visualização somente leitura, mas mostra como a interface funciona antes de você executar qualquer coisa por conta própria.

1.3. Acesse um workspace com computação¶

Para executar pipelines, é necessário um workspace com um ambiente de computação configurado.

A Seqera oferece duas formas de fornecer computação:

Conecte sua própria infraestrutura: AWS, Azure, Google Cloud e schedulers HPC (SLURM, LSF, PBS, entre outros). Consulte a documentação de ambientes de computação para guias de configuração.
Seqera Compute: um serviço gerenciado que fornece ambientes de computação pré-provisionados na AWS, mediante pagamento, sem necessidade de configurar uma conta na nuvem. Você pode ativá-lo diretamente nas configurações do seu workspace.

Treinamento em grupo: Se você está participando de uma sessão de treinamento em grupo, pode ter sido adicionado a uma organização e workspace que já possui computação configurada. Seu instrutor fornecerá o nome da organização, o nome do workspace e quaisquer outros detalhes necessários.

Trabalhando de forma independente: Se você está seguindo este treinamento por conta própria, será necessário configurar um ambiente de computação no seu workspace pessoal usando uma das opções acima. Créditos gratuitos para experimentar o Seqera Compute estão disponíveis mediante solicitação.

Nota

O restante deste curso pressupõe que você tem acesso a um workspace com um ambiente de computação configurado. Se você estiver em uma sessão de treinamento em grupo, seu instrutor confirmará qual workspace e ambiente de computação utilizar.

Conclusão¶

Você tem uma conta na Seqera, explorou o Community Showcase e consegue acessar um workspace com computação.

O que vem a seguir?¶

Execute um pipeline RNA-seq em escala de produção pela interface web do Seqera Cloud.

2. Executar nf-core/rnaseq pela interface web¶

Conforme abordado no curso Use nf-core, o pipeline nf-core/rnaseq é um pipeline curado pela comunidade para análise de dados de sequenciamento de RNA em bulk.

Nesta seção, você vai adicionar o pipeline ao seu workspace, executar uma análise e monitorar sua execução.

2.1. Adicione o pipeline ao seu workspace¶

Convenientemente, o nf-core/rnaseq faz parte de uma coleção curada de pipelines que podem ser adicionados ao seu workspace com poucos cliques por meio do serviço Seqera Pipelines.

Mostraremos como adicionar seus próprios pipelines mais adiante neste curso.

Acesse Seqera Pipelines para navegar pela coleção da comunidade.
Pesquise por rnaseq e selecione nf-core/rnaseq.
Clique em Launch Pipeline ou role até o final da página até a seção Launch Pipeline.
Certifique-se de estar logado e selecione os valores apropriados nos menus suspensos Organizations, Workspace e Compute Environment. Dica para grupos: Se você estiver usando um workspace compartilhado, adicione um identificador único (como seu nome de usuário) ao nome do pipeline.
Clique em Add pipeline to your Seqera account

Uma caixa aparecerá com a mensagem: Pipeline added: View Pipeline. Clicar no link levará você à entrada do pipeline no seu launchpad.

O pipeline agora está listado no painel Launchpad do seu workspace e está pronto para ser executado.

2.2. Execute o pipeline¶

Clique no botão Launch do pipeline, seja no painel Launchpad ou na página de detalhes do pipeline. Isso abre a interface de configuração.

O pipeline já está configurado com o perfil test, portanto os dados de entrada, o diretório de saída e a referência do genoma já estão preenchidos. Você pode ignorar os demais parâmetros e configurações avançadas por enquanto.

Clique no botão azul Launch para iniciar a execução de fato.

2.3. Monitore a execução¶

Após executar, você será direcionado ao painel Runs do seu pipeline.

A visualização da execução mostra:

Status: estado atual da execução (submitted, running, succeeded, failed)
Command line: o comando nextflow run exato que a Platform construiu e submeteu
Parameters: todos os valores de parâmetros usados nesta execução
Tasks: uma tabela com cada chamada de processo, com status, duração e uso de recursos

Clique em qualquer linha de tarefa para inspecionar seus detalhes de execução, incluindo:

O script .command.sh que foi executado
Logs de stdout e stderr
Métricas de CPU, memória e I/O

A aba Reports exibirá um relatório MultiQC assim que a execução for concluída, agregando métricas de controle de qualidade de todas as amostras.

Isso levará algum tempo para ser executado, então vamos continuar por enquanto e voltar mais tarde para verificar as saídas e assim por diante.

Conclusão¶

Você sabe como adicionar um pipeline a um workspace da Seqera, configurar e executar uma análise, e monitorar a execução em escala.

O que vem a seguir?¶

Siga para a Parte 2, onde você aprenderá como fazer tudo isso pela linha de comando usando o CLI tw.

Resumo¶

Nesta parte você aprendeu a:

Criar uma conta na Seqera e explorar o Community Showcase
Adicionar um pipeline do catálogo curado, executar uma análise em escala de produção e monitorar a execução