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Résumé du cours

Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations

Les Quêtes secondaires sont des mini-cours de formation autonomes qui approfondissent des sujets Nextflow spécifiques.

Chaque quête secondaire peut être suivie indépendamment, dans n'importe quel ordre, selon vos intérêts et vos besoins.
Informations complémentaires

Prérequis techniques

Vous aurez besoin d'un compte GitHub OU d'une installation locale de Nextflow. Consultez Options d'environnement pour plus de détails.
Objectifs d'apprentissage
- Configurer un environnement de développement Nextflow productif
- Appliquer des modèles de script avancés pour des transformations de données complexes
- Gérer et propager des métadonnées dans des workflows en plusieurs étapes
- Diviser et regrouper des canaux de données pour un traitement parallèle et séquentiel
- Tester des workflows Nextflow avec nf-test
- Composer des pipelines complexes à partir de modules de workflow nommés et réutilisables
- Travailler efficacement avec des fichiers grâce aux opérations sur les fichiers Nextflow
- Déboguer systématiquement les problèmes courants de workflow
- Utiliser et créer des plugins Nextflow
Public et prérequis
- Public : Cette collection est destinée aux apprenant·es ayant terminé le cours débutant Hello Nextflow et souhaitant approfondir des sujets spécifiques.
- Compétences : Une expérience avec la ligne de commande et une familiarité avec les concepts et outils de base de Nextflow sont supposées.
- Cours : Avoir complété Hello Nextflow ou équivalent.

Aperçu du cours¶

Si c'est la première fois que vous explorez les Quêtes secondaires, commencez par la page Orientation pour un aperçu de l'environnement de formation et des supports.

Quêtes secondaires¶

Quête secondaire	Résumé	Durée estimée
Environnement de développement	Configurer un environnement de développement Nextflow local et productif	45 min
Modèles de script essentiels	Techniques de script avancées pour les défis courants des workflows	90 min
Traitement des fichiers en entrée	Gestion des fichiers, opérations sur les chemins et organisation des sorties	45 min
Métadonnées et meta maps	Utiliser des maps de métadonnées pour suivre et propager les informations sur les échantillons	45 min
Division et regroupement	Techniques de division et de regroupement des canaux de données	45 min
Tests avec nf-test	Écrire et exécuter des tests pour les workflows Nextflow	1 heure
Débogage des workflows	Identifier et corriger les erreurs courantes dans les workflows	1 heure
Workflows de workflows	Composer des pipelines complexes à partir de modules de workflow nommés et réutilisables	30 min
Développement de plugins	Utiliser et créer des plugins Nextflow	3 heures

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