Mise à l'échelle avec Seqeracourse¶
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Résumé du cours
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Mise à l'échelle avec Seqera est une introduction pratique au lancement et à la surveillance de pipelines Nextflow avec Seqera Platform.
À travers des exemples concrets, vous configurerez l'accès à Seqera Platform, lancerez un pipeline à l'échelle de production depuis l'interface web et depuis la ligne de commande, et ajouterez un nouveau pipeline à votre espace de travail.
Vous repartirez avec les compétences et la confiance nécessaires pour exécuter et surveiller vos propres pipelines sur Seqera Platform.
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Informations complémentaires
Prérequis techniques
Vous aurez besoin d'un compte GitHub OU d'une installation locale de Nextflow. Consultez Options d'environnement pour plus de détails.
Objectifs d'apprentissage
- S'inscrire sur Seqera Platform et explorer la vitrine communautaire
- Ajouter un pipeline à un espace de travail et le lancer depuis l'interface web
- S'authentifier et lancer des pipelines depuis la ligne de commande avec le CLI
tw - Enregistrer un pipeline hébergé sur GitHub et le lancer des deux façons
Public et prérequis
- Public : Ce cours est conçu pour les apprenant·es qui souhaitent exécuter des pipelines Nextflow à grande échelle avec Seqera Platform.
- Compétences : Une familiarité avec l'exécution de pipelines nf-core depuis la ligne de commande est supposée.
- Cours : Avoir complété Nextflow Run et Use nf-core, ou être à l'aise avec l'exécution de pipelines locaux et
nf-core/rnaseq.
Aperçu du cours¶
Ce cours est pratique et s'appuie sur les pipelines que vous avez déjà exécutés dans Use nf-core.
Vous commencerez par vous inscrire sur Seqera Platform et lancer nf-core/rnaseq, un pipeline à l'échelle de production, depuis l'interface web.
Vous passerez ensuite à l'outil en ligne de commande tw pour faire de même depuis un terminal, et enfin vous enregistrerez un nouveau pipeline, nf-core/demo, et le lancerez des deux façons.
Plan du cours¶
| Chapitre du cours | Résumé | Durée estimée |
|---|---|---|
| Partie 1 : Lancer des pipelines depuis l'interface web | Configurer l'accès à Seqera Platform et lancer un pipeline à l'échelle de production depuis l'interface web | 20 min |
| Partie 2 : Lancer des pipelines depuis la ligne de commande | Authentifier le CLI tw, lancer un pipeline enregistré et en enregistrer un nouveau depuis le CLI |
25 min |
À la fin de ce cours, vous serez à l'aise pour lancer et surveiller des pipelines Nextflow sur Seqera Platform, que vous préfériez travailler depuis l'interface web ou depuis la ligne de commande.
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