Premiers pas¶

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Démarrer un environnement de formation¶

Pour utiliser l'environnement préconstruit que nous fournissons sur GitHub Codespaces, cliquez sur le bouton "Open in GitHub Codespaces" ci-dessous. Pour d'autres options, consultez les options d'environnement.

Nous vous recommandons d'ouvrir l'environnement de formation dans un nouvel onglet ou une nouvelle fenêtre de navigateur (utilisez le clic droit, ctrl+clic ou cmd+clic selon votre équipement) afin de pouvoir continuer à lire pendant le chargement de l'environnement. Vous devrez garder ces instructions ouvertes en parallèle pour suivre le cours.

Bases de l'environnement¶

Cet environnement de formation contient tous les logiciels, le code et les données nécessaires pour suivre le cours de formation, vous n'avez donc rien à installer vous-même.

Le codespace est configuré avec une interface VSCode, qui comprend un explorateur de fichiers, un éditeur de code et un terminal. Toutes les instructions données pendant le cours (par exemple, « ouvrir le fichier », « modifier le code » ou « exécuter cette commande ») font référence à ces trois parties de l'interface VSCode, sauf indication contraire.

Si vous suivez ce cours par vous-même, veuillez vous familiariser avec les bases de l'environnement pour plus de détails.

Prérequis de version¶

Cette formation fonctionne avec Nextflow 25.10.2 ou une version ultérieure avec le parseur de syntaxe v2, qui est le parseur par défaut à partir de Nextflow 26.04. Dans notre environnement de formation, vous n'avez rien à faire : il exécute Nextflow 26.04.4 avec le parseur v2. Si vous utilisez un environnement local ou personnalisé, consultez les notes de version.

nf-core/demo nécessite Nextflow 25.10.4 ou une version ultérieure

Le pipeline nf-core/demo utilisé dans la Partie 1 impose sa propre version minimale de Nextflow (>=25.10.4), qui est plus stricte que le minimum général de la formation fixé à 25.10.2. Notre environnement de formation satisfait déjà à cette exigence ; si vous utilisez un environnement local ou personnalisé, assurez-vous d'utiliser Nextflow 25.10.4 ou une version ultérieure.

Cette formation nécessite également nf-core tools 4.0.2. Si vous utilisez une version différente des outils nf-core, vous pourriez avoir des difficultés à suivre.

Vous pouvez vérifier la version installée dans votre environnement à l'aide de la commande nf-core --version.

Compatibilité avec le parseur v2

De nombreux pipelines nf-core ne prennent pas encore en charge le parseur de syntaxe v2. Si vous exécutez un pipeline nf-core autre que ceux utilisés dans ce cours et que vous rencontrez des erreurs, vous devrez peut-être passer au parseur v1 en définissant export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consultez les notes de version pour plus de détails.

Se préparer à travailler¶

Une fois votre codespace en cours d'exécution, il y a deux choses à faire avant de plonger dans la formation : définir votre répertoire de travail pour ce cours spécifique, et jeter un œil aux ressources fournies.

Définir le répertoire de travail¶

Par défaut, le codespace s'ouvre avec le répertoire de travail défini à la racine de tous les cours de formation, mais pour ce cours, nous travaillerons dans le répertoire nfcore-use/.

Changez de répertoire maintenant en exécutant cette commande dans le terminal :

cd nfcore-use/

Astuce

Si pour une raison quelconque vous quittez ce répertoire (par exemple, si votre codespace se met en veille), vous pouvez toujours utiliser le chemin complet pour y revenir, en supposant que vous exécutez ceci dans l'environnement de formation GitHub Codespaces :

cd /workspaces/training/nfcore-use

Ensuite, explorez le contenu de ce répertoire.

Explorer les ressources fournies¶

Vous pouvez explorer le contenu de ce répertoire en utilisant l'explorateur de fichiers sur le côté gauche de l'espace de travail de formation. Vous pouvez également utiliser la commande tree.

tree .

Contenu du répertoire

.
├── custom.config
├── laptop.config
├── malformed_samplesheet.csv
└── my_params.yml

Le fichier laptop.config est un fichier de configuration que nous utiliserons dans la section 4 pour limiter l'utilisation des ressources lors de l'exécution d'un pipeline à l'échelle de production en local. Vous pouvez l'ignorer jusqu'à ce moment-là.
Les fichiers my_params.yml, malformed_samplesheet.csv et custom.config sont utilisés dans la Partie 2, pour illustrer la définition de paramètres à partir d'un fichier, la validation des entrées et les remplacements de configuration au niveau du processus. Vous pouvez également les ignorer jusqu'à ce moment-là.

Liste de vérification¶

Vous pensez être prêt·e à vous lancer ?

Je comprends l'objectif de ce cours et ses prérequis
Mon environnement est opérationnel
J'utilise nf-core tools 4.0.2 (à vérifier avec nf-core --version)
J'ai défini mon répertoire de travail de manière appropriée

Si vous pouvez cocher toutes les cases, vous êtes prêt·e à commencer.

Pour continuer vers la Partie 1, cliquez sur la flèche dans le coin inférieur droit de cette page.