Orientação

O ambiente Github Codespaces contém todo o software, código e dados necessários para este curso. Você não precisa instalar nada por conta própria. No entanto, é necessária uma conta (gratuita) para logar - e recomendamos que você reserve alguns minutos para se familiarizar com a interface.

Caso ainda não tenha feito isso, siga este link antes de prosseguir.

Materiais fornecidos

Ao longo deste curso, trabalharemos no diretório hello-nextflow/, que é carregado por padrão quando você abre o ambiente de trabalho do Gitpod. Este diretório contém todos os arquivos de código, dados de teste e arquivos auxiliares que você precisará.

Sinta-se à vontade para explorar o conteúdo deste diretório; a maneira mais fácil de fazer isso é usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do ambiente de trabalho do Gitpod. Alternativamente, você pode usar o comando tree. Ao longo do curso, usamos a saída do tree para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível - às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui, geramos um índice até o segundo nível:

tree . -L 2

Se você executar isso dentro do diretório hello-nextflow, verá a seguinte saída:

Directory contents

.
├── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
└── test-params.json

7 directories, 9 files

Nota

Não se preocupe se isso parecer muita informação até o momento. Nós passaremos pelas partes relevantes ao longo das etapas do curso. Isso é apenas para te dar uma visão geral.

Aqui está um resumo do que você deveria saber para começar:

• Os arquivos .nf são scripts de fluxo de trabalho nomeados com base na parte do curso em que são utilizados.

• O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.

• The file greetings.csv contains input data we'll use in most of the course. It is described in Part 1, when we introduce it for the first time.

• The file test-params.json is a file we'll use in Part 6. You can ignore it for now.

• O diretório solutions contém os scripts de fluxo de trabalho completos resultantes de cada etapa do curso. Eles servem como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. As informações de nome e o número presentes no nome do arquivo correspondem à etapa da parte relevante do curso. Por exemplo, o arquivo hello-world-4.nf é o resultado esperado ao completar as etapas 1 a 4 da Parte 1: Hello World.

Dica

Se, por algum motivo, você sair deste diretório, sempre poderá executar este comando para retornar:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Agora, para iniciar o curso, clique na seta no canto inferior direito desta página.