Escala con Seqeracourse¶
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Resumen del curso
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
Scale with Seqera es una introducción práctica para ejecutar y monitorear pipelines de Nextflow con Seqera Platform.
A través de ejemplos prácticos, configurará el acceso a Seqera Platform, ejecutará un pipeline a escala de producción tanto desde la interfaz web como desde la línea de comandos, y agregará un nuevo pipeline a su workspace.
Al finalizar, contará con las habilidades y la confianza necesarias para ejecutar y monitorear sus propios pipelines en Seqera Platform.
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Información adicional
Requisitos técnicos
Necesitarás una cuenta de GitHub O una instalación local de Nextflow. Consulta Opciones de entorno para más detalles.
Objetivos de aprendizaje
- Registrarse en Seqera Platform y explorar el Community Showcase
- Agregar un pipeline a un workspace y ejecutarlo desde la interfaz web
- Autenticarse y ejecutar pipelines desde la línea de comandos con el CLI
tw - Registrar un pipeline alojado en GitHub y ejecutarlo de ambas formas
Audiencia y prerrequisitos
- Audiencia: Este curso está diseñado para personas que desean ejecutar pipelines de Nextflow a escala usando Seqera Platform.
- Habilidades: Se asume familiaridad con la ejecución de pipelines de nf-core desde la línea de comandos.
- Cursos: Es necesario haber completado Nextflow Run y Use nf-core, o tener experiencia ejecutando pipelines locales y el pipeline
nf-core/rnaseq.
Descripción general del curso¶
Este curso es práctico y se basa en los pipelines que ya ejecutó en Use nf-core.
Comenzará registrándose en Seqera Platform y ejecutando nf-core/rnaseq, un pipeline a escala de producción, desde la interfaz web.
Luego cambiará a la herramienta de línea de comandos tw para hacer lo mismo desde una terminal y, finalmente, registrará un nuevo pipeline, nf-core/demo, y lo ejecutará de ambas formas.
Plan de lecciones¶
| Capítulo del curso | Resumen | Duración estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Ejecutar pipelines desde la interfaz web | Configurar el acceso a Seqera Platform y ejecutar un pipeline a escala de producción desde la interfaz web | 20 min |
| Parte 2: Ejecutar pipelines desde la línea de comandos | Autenticar el CLI tw, ejecutar un pipeline guardado y registrar un nuevo pipeline desde la línea de comandos |
25 min |
Al finalizar este curso, se sentirá cómodo/a ejecutando y monitoreando pipelines de Nextflow en Seqera Platform, ya sea desde la interfaz web o desde la línea de comandos.
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