Resumen del curso¶

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

¡Felicitaciones por completar el curso de capacitación Use nf-core! 🎉

Tu recorrido¶

Comenzaste encontrando y descargando el pipeline nf-core/demo, luego aprendiste a ejecutarlo usando su perfil de prueba y a examinar sus salidas. A continuación, configuraste su ejecución mediante parámetros del pipeline y archivos de configuración, y viste cómo los pipelines de nf-core validan los parámetros y los datos de entrada. Finalmente, aplicaste esas mismas habilidades a nf-core/rnaseq, un pipeline a escala de producción, y aprendiste cómo sobrescribir sus asignaciones de recursos predeterminadas para adaptarlas al hardware disponible.

Lo que aprendiste¶

Ahora eres capaz de encontrar, descargar, ejecutar y configurar pipelines de nf-core.

Los pipelines de nf-core se descargan con nextflow pull y siguen una organización de código estándar.
Cada pipeline de nf-core incluye un perfil test para una validación rápida con un conjunto de datos pequeño.
Los parámetros del pipeline (definidos mediante --param_name o -params-file) y la configuración (definida mediante -c) tienen propósitos distintos: entradas y opciones de análisis, versus aspectos logísticos de ejecución como la asignación de recursos.
Los pipelines de nf-core validan los parámetros y los archivos de entrada automáticamente, detectando errores antes de que se realice cualquier trabajo.
Los recursos predeterminados se asignan mediante etiquetas (process_low, process_medium, process_high) definidas en conf/base.config, las cuales puedes sobrescribir con un archivo de configuración personalizado.

Habilidades adquiridas¶

A través de este curso práctico, aprendiste a:

Encontrar un pipeline de nf-core en el sitio web nf-co.re y descargar su código fuente
Ejecutar un pipeline usando su perfil de prueba integrado y examinar sus salidas
Obtener ayuda, definir parámetros y comprender la validación de parámetros y entradas
Personalizar la asignación de recursos y los argumentos de herramientas mediante archivos de configuración
Descargar y ejecutar un pipeline a escala de producción, y sobrescribir sus etiquetas de recursos predeterminadas

Ahora cuentas con el conocimiento fundamental para comenzar a ejecutar pipelines de nf-core en tus propios análisis.

Próximos pasos para desarrollar tus habilidades¶

Estas son nuestras principales sugerencias sobre qué hacer a continuación:

Lanza y monitorea estos pipelines a escala con Scale with Seqera
¡No solo ejecutes pipelines de nf-core, desarróllalos! Aprende las mejores prácticas de nf-core con Build with nf-core
¿Eres nuevo en Nextflow? Comienza con Nextflow Run
Aplica Nextflow a un caso de uso de análisis científico con Nextflow for Science
Explora características más avanzadas de Nextflow con los Side Quests

Obtener ayuda¶

Para recursos de ayuda y soporte de la comunidad, consulta la página de Ayuda.

Encuesta de retroalimentación¶

Antes de continuar, ¡tómate un minuto para completar la encuesta del curso! Tu retroalimentación nos ayuda a mejorar nuestros materiales de capacitación para todos.

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