Configuración de Ejecucióncourse¶
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Resumen del curso
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
Configure Execution es una introducción práctica a la adaptación de la ejecución de pipelines de Nextflow a diferentes entornos de cómputo.
A través de ejercicios orientados a objetivos, aprenderá a cambiar la tecnología de empaquetado de software, seleccionar una plataforma de ejecución, controlar la asignación de recursos de cómputo y los reintentos, y agrupar la configuración en perfiles intercambiables.
Adquirirá las habilidades y la confianza para configurar la ejecución de pipelines de Nextflow como un profesional.
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Información adicional
Requisitos técnicos
Necesitarás una cuenta de GitHub O una instalación local de Nextflow. Consulta Opciones de entorno para más detalles.
Objetivos de aprendizaje
- Cambiar la tecnología de empaquetado de software entre Docker y Conda
- Seleccionar una plataforma de ejecución y comprender cómo Nextflow adapta la ejecución de tareas a ella
- Controlar la asignación de recursos de cómputo y reintentar automáticamente las tareas que fallen
- Definir y combinar perfiles para alternar entre configuraciones predefinidas
Audiencia y prerrequisitos
- Audiencia: Este curso está diseñado para personas que ya saben cómo ejecutar pipelines de Nextflow localmente y desean configurar la ejecución con mayor profundidad.
- Habilidades: Se asume cierta familiaridad con la línea de comandos.
- Cursos: Debe haber completado Nextflow Run o estar familiarizado/a con la ejecución de un pipeline local con
nextflow run.
Descripción general del curso¶
Este curso es práctico y se basa en las habilidades cubiertas en Nextflow Run.
Tomará el mismo pipeline de múltiples pasos de ese curso y adaptará progresivamente su configuración a diferentes entornos de cómputo, para luego agrupar todo en perfiles entre los que podrá alternar en tiempo de ejecución.
Plan de lecciones¶
| Capítulo del curso | Resumen | Duración estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Adaptación al entorno de cómputo | Cambiar la tecnología de empaquetado de software y seleccionar una plataforma de ejecución | 20 min |
| Parte 2: Gestión de recursos de cómputo y fallos | Controlar la asignación de recursos y reintentar automáticamente las tareas que fallen | 15 min |
| Parte 3: Uso de perfiles para alternar configuraciones | Definir y combinar perfiles, e inspeccionar la configuración completamente resuelta | 15 min |
Al finalizar este curso, estará en condiciones de configurar pipelines de Nextflow para una variedad de entornos de cómputo y alternar entre ellos con el mínimo esfuerzo.
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