시작하기¶

교육 환경 시작¶

GitHub Codespaces에서 제공하는 사전 구축 환경을 사용하려면 아래의 "Open in GitHub Codespaces" 버튼을 클릭하세요. 다른 옵션은 환경 옵션을 참조하세요.

환경이 로드되는 동안 계속 읽을 수 있도록 새 브라우저 탭이나 창에서 교육 환경을 여는 것을 권장합니다(사용 중인 운영체제에 따라 마우스 오른쪽 클릭, ctrl-클릭 또는 cmd-클릭 사용). 과정을 진행하는 동안 이 지침을 함께 열어 두어야 합니다.

환경 기본 사항¶

이 교육 환경에는 교육 과정을 진행하는 데 필요한 모든 소프트웨어, 코드 및 데이터가 포함되어 있으므로 직접 설치할 필요가 없습니다.

codespace는 파일 시스템 탐색기, 코드 편집기 및 터미널 셸을 포함하는 VSCode 인터페이스로 설정됩니다. 과정 중에 제공되는 모든 지침(예: '파일 열기', '코드 편집' 또는 '이 명령 실행')은 별도로 지정하지 않는 한 VSCode 인터페이스의 세 부분을 참조합니다.

이 과정을 혼자 진행하는 경우 자세한 내용은 환경 기본 사항을 참조하세요.

버전 요구 사항¶

이 과정은 v2 구문 분석기가 활성화된 상태(25.10 이상에서 기본값)로 Nextflow 25.10.2 이상이 필요합니다. 로컬 또는 사용자 정의 환경을 사용하는 경우 여기에 설명된 대로 올바른 설정을 사용하고 있는지 확인하세요.

작업 준비¶

codespace가 실행되면 시작하기 전에 두 가지를 수행해야 합니다: 작업 디렉토리를 설정하고 제공된 자료를 살펴봅니다.

작업 디렉토리 설정¶

기본적으로 codespace는 모든 교육 과정의 루트로 작업 디렉토리가 설정된 상태로 열립니다. 이 과정에서는 nextflow-run/ 디렉토리로 변경합니다:

cd nextflow-run/

그런 다음 파일 탐색기 사이드바에 관련 파일만 표시되도록 VSCode가 이 디렉토리에 집중하도록 설정합니다:

code .

팁

어떤 이유로든 이 디렉토리를 벗어난 경우(예: codespace가 중지 상태가 됨), Github Codespaces 교육 환경 내에서 실행하고 있다고 가정하면 항상 전체 경로를 사용하여 돌아올 수 있습니다:

cd /workspaces/training/nextflow-run

제공된 자료 탐색¶

파일 탐색기 왼쪽 사이드바 또는 tree 명령을 사용하여 과정 자료를 탐색할 수 있습니다. 터미널에서 다음 명령을 실행하여 전체 구조를 확인합니다:

tree . -L 2

디렉토리 내용

.
├── 1-hello.nf
├── 2-inputs.nf
├── data
│   ├── greetings-extended.csv
│   └── greetings.csv
├── main.nf
├── modules
│   ├── collectGreetings.nf
│   ├── convertToUpper.nf
│   ├── cowpy.nf
│   └── sayHello.nf
└── nextflow.config

.nf 파일은 복잡도가 점차 높아지는 워크플로우 스크립트로, 과정에서 순서대로 사용됩니다.

data/ 디렉토리에는 섹션 2부터 사용할 CSV 입력 파일이 포함되어 있습니다.

modules/ 디렉토리에는 main.nf에서 사용하는 프로세스 정의가 포함되어 있습니다.

nextflow.config 파일은 최소한의 환경 속성을 설정하는 설정 파일입니다. 지금은 무시해도 됩니다. 섹션 4에서 다룹니다.

준비 점검 목록¶

시작할 준비가 되었나요?

이 과정의 목표와 선수 조건을 이해합니다
환경이 가동되어 실행 중입니다
작업 디렉토리를 적절하게 설정했습니다

모든 항목을 체크할 수 있다면 준비가 완료된 것입니다.

Part 1: Nextflow 실행으로 계속하려면 이 페이지 오른쪽 하단의 화살표를 클릭하세요.