Orientation¶

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GitHub Codespaces¶

L'ambiente GitHub Codespaces contiene tutto il software, il codice e i dati necessari per lavorare attraverso questo corso di formazione, quindi non devi installare nulla da solo. Tuttavia, hai bisogno di un account GitHub (gratuito) per effettuare l'accesso e dovresti prenderti qualche minuto per familiarizzare con l'interfaccia.

Se non l'hai ancora fatto, segui il mini-corso Environment Setup prima di proseguire.

Working directory¶

Durante questo corso di formazione, lavoreremo nella directory hello-nextflow/.

Cambia directory ora eseguendo questo comando nel terminale:

cd hello-nextflow/

Tip

Se per qualsiasi motivo esci da questa directory, puoi sempre utilizzare il percorso completo per tornarci, supponendo che tu stia eseguendo questo comando nell'ambiente di formazione Github Codespaces:

cd /workspaces/training/hello-nextflow

Diamo ora un'occhiata al contenuto di questa directory.

Materiali forniti¶

Puoi esplorare il contenuto di questa directory utilizzando l'esploratore di file sul lato sinistro dell'area di lavoro di training. In alternativa, puoi utilizzare il comando tree.

Durante il corso, utilizziamo l'output tree per rappresentare la struttura e il contenuto delle directory in un formato leggibile, a volte con piccole modifiche per chiarezza.

Qui generiamo un indice fino al secondo livello in basso:

tree . -L 2

Se esegui questo comando all'interno di hello-nextflow, dovresti vedere il seguente output:

Directory contents

.
├── greetings.csv
├── hello-channels.nf
├── hello-config.nf
├── hello-containers.nf
├── hello-modules.nf
├── hello-workflow.nf
├── hello-world.nf
├── nextflow.config
├── solutions
│   ├── 1-hello-world
│   ├── 2-hello-channels
│   ├── 3-hello-workflow
│   ├── 4-hello-modules
│   ├── 5-hello-containers
│   └── 6-hello-config
└── test-params.json

7 directories, 9 files

Ecco un riepilogo di ciò che dovresti sapere per iniziare:

I file .nf sono script di workflow denominati in base alla parte del corso in cui vengono utilizzati.
Il file nextflow.config è un file di configurazione che imposta le proprietà minime dell'ambiente. Per ora puoi ignorarlo.
Il file greetings.csv contiene i dati di input che utilizzeremo nella maggior parte del corso. È descritto nella Parte 1, quando lo introduciamo per la prima volta.
Il file test-params.json è un file che utilizzeremo nella Parte 6. Per ora puoi ignorarlo.
La directory solutions contiene gli script del workflow completati che risultano da ogni passaggio del corso. Sono pensati per essere utilizzati come riferimento per controllare il tuo lavoro e risolvere eventuali problemi. Il nome e il numero nel nome del file corrispondono al passaggio della parte pertinente del corso. Ad esempio, il file hello-world-4.nf è il risultato previsto del completamento dei passaggi da 1 a 4 della Parte 1: Hello World.

Ora, per iniziare il corso, clicca sulla freccia nell'angolo in basso a destra di questa pagina.