Desarrollo de Plugins¶
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
El sistema de plugins de Nextflow le permite extender el lenguaje con funciones personalizadas, hooks de monitoreo, backends de ejecución y más. Los plugins permiten a la comunidad agregar funcionalidades a Nextflow sin modificar su núcleo, lo que los hace ideales para compartir funcionalidades reutilizables entre pipelines.
Durante esta capacitación, aprenderá a usar plugins existentes y, opcionalmente, a crear los suyos propios.
Audiencia y requisitos previos¶
La Parte 1 cubre el uso de plugins existentes y es relevante para todos los usuarios de Nextflow. Las Partes 2-6 cubren la creación de sus propios plugins e involucran código Groovy y herramientas de compilación. No se requiere experiencia previa en Java o Groovy.
Requisitos previos
- Una cuenta de GitHub O una instalación local como se describe aquí.
- Haber completado el curso Hello Nextflow o equivalente.
- Java 21 o posterior (incluido en el entorno de capacitación; solo necesario para las Partes 2-6).
Directorio de trabajo: side-quests/plugin_development
Abra el espacio de código de capacitación¶
Si aún no lo ha hecho, asegúrese de abrir el entorno de capacitación como se describe en la Configuración del entorno.
Objetivos de aprendizaje¶
Al finalizar esta capacitación, será capaz de:
Uso de plugins (Parte 1):
- Instalar y configurar plugins existentes en sus workflows
- Importar y usar funciones de plugins
Desarrollo de plugins (Partes 2-6):
- Crear un nuevo proyecto de plugin usando el generador de proyectos integrado de Nextflow
- Implementar funciones personalizadas que se puedan invocar desde workflows
- Compilar, probar e instalar su plugin localmente
- Monitorear eventos del workflow (por ejemplo, finalización de tareas, inicio/fin del pipeline) para registros personalizados o notificaciones
- Agregar opciones de configuración para hacer los plugins personalizables
- Distribuir su plugin
Plan de lecciones¶
Parte 1: Conceptos básicos de plugins¶
Use plugins existentes en un workflow de Nextflow y configure su comportamiento.
Parte 2: Crear un proyecto de plugin¶
Genere un nuevo proyecto de plugin y examine su estructura.
Parte 3: Funciones personalizadas¶
Implemente funciones personalizadas, compile su plugin y ejecútelo en un workflow.
Parte 4: Pruebas¶
Escriba y ejecute pruebas unitarias usando el framework Spock.
Parte 5: Monitoreo de workflows¶
Responda a eventos como la finalización de tareas para construir un contador de tareas.
Parte 6: Configuración y distribución¶
Lea configuraciones desde nextflow.config para hacer su plugin personalizable y luego aprenda cómo compartirlo.
¿Listo para tomar el curso?