Primeros pasos¶

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

Iniciar un entorno de capacitación¶

Para usar el entorno preconfigurado que proporcionamos en GitHub Codespaces, haga clic en el botón "Open in GitHub Codespaces" que aparece a continuación. Para otras opciones, consulte Opciones de entorno.

Recomendamos abrir el entorno de capacitación en una nueva pestaña o ventana del navegador (use clic derecho, ctrl+clic o cmd+clic según su equipo) para poder seguir leyendo mientras el entorno carga. Deberá mantener estas instrucciones abiertas en paralelo para trabajar a lo largo del curso.

Conceptos básicos del entorno¶

Este entorno de capacitación contiene todo el software, el código y los datos necesarios para trabajar a lo largo del curso, por lo que no necesita instalar nada por su cuenta.

El codespace está configurado con una interfaz de VSCode, que incluye un explorador de archivos, un editor de código y una terminal. Todas las instrucciones dadas durante el curso (por ejemplo, "abra el archivo", "edite el código" o "ejecute este comando") hacen referencia a esas tres partes de la interfaz de VSCode, a menos que se indique lo contrario.

Si está trabajando en este curso por su cuenta, familiarícese con los conceptos básicos del entorno para obtener más detalles.

Requisitos de versión¶

Esta capacitación funciona con Nextflow 25.10.2 o posterior con el analizador de sintaxis v2, que es el predeterminado a partir de Nextflow 26.04. En nuestro entorno de capacitación no necesita hacer nada: ejecuta Nextflow 26.04.4 con el analizador v2. Si está usando un entorno local o personalizado, consulte las notas de versión.

nf-core/demo requiere Nextflow 25.10.4 o posterior

El pipeline nf-core/demo utilizado en la Parte 1 impone su propia versión mínima de Nextflow (>=25.10.4), que es más estricta que el mínimo general de capacitación de 25.10.2. Nuestro entorno de capacitación ya cumple con este requisito; si está usando un entorno local o personalizado, asegúrese de tener Nextflow 25.10.4 o posterior.

Esta capacitación también requiere nf-core tools 4.0.2. Si usa una versión diferente de las herramientas de nf-core, puede tener dificultades para seguir el curso.

Puede verificar qué versión está instalada en su entorno usando el comando nf-core --version.

Compatibilidad con el analizador v2

Muchos pipelines de nf-core aún no son compatibles con el analizador de sintaxis v2. Si ejecuta un pipeline de nf-core distinto de los utilizados en este curso y encuentra errores, es posible que deba cambiar al analizador v1 configurando export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consulte las notas de versión para más detalles.

Prepárese para trabajar¶

Una vez que su codespace esté en ejecución, hay dos cosas que debe hacer antes de comenzar con la capacitación: establecer su directorio de trabajo para este curso específico y revisar los materiales proporcionados.

Establecer el directorio de trabajo¶

De forma predeterminada, el codespace se abre con el directorio de trabajo ubicado en la raíz de todos los cursos de capacitación, pero para este curso trabajaremos en el directorio nfcore-use/.

Cambie de directorio ahora ejecutando este comando en la terminal:

cd nfcore-use/

Consejo

Si por alguna razón sale de este directorio (por ejemplo, si su codespace entra en suspensión), siempre puede usar la ruta completa para volver a él, asumiendo que está ejecutando esto dentro del entorno de capacitación de GitHub Codespaces:

cd /workspaces/training/nfcore-use

A continuación, explore el contenido de este directorio.

Explorar los materiales proporcionados¶

Puede explorar el contenido de este directorio usando el explorador de archivos en el lado izquierdo del espacio de trabajo de capacitación. Alternativamente, puede usar el comando tree.

tree .

Contenido del directorio

.
├── custom.config
├── laptop.config
├── malformed_samplesheet.csv
└── my_params.yml

El archivo laptop.config es un archivo de configuración que usaremos en la sección 4 para limitar el uso de recursos al ejecutar un pipeline de escala productiva de forma local. Puede ignorarlo hasta entonces.
Los archivos my_params.yml, malformed_samplesheet.csv y custom.config se usan en la Parte 2 para demostrar la configuración de parámetros desde un archivo, la validación de entradas y las anulaciones de configuración a nivel de proceso. También puede ignorarlos hasta entonces.

Lista de verificación de preparación¶

¿Cree que está listo/a para comenzar?

Entiendo el objetivo de este curso y sus requisitos previos
Mi entorno está en funcionamiento
Estoy usando nf-core tools 4.0.2 (verifique con nf-core --version)
He establecido mi directorio de trabajo correctamente

Si puede marcar todas las casillas, está listo/a para continuar.

Para continuar a la Parte 1, haga clic en la flecha en la esquina inferior derecha de esta página.