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Configuração do ambiente

Existem duas principais maneiras de começar este treinamento da Comunidade do Nextflow.

A primeira é instalar os requisitos localmente, o que é melhor se você já estiver familiarizado com Git e Docker ou trabalhando offline.

A segunda é usar o Gitpod, o que é melhor para iniciantes, pois esta plataforma contém todos os programas e dados necessários. Basta clicar no link abaixo e fazer login usando sua conta do GitHub para iniciar o tutorial:

Abra no GitPod

Instalação local

O Nextflow pode ser usado em qualquer sistema compatível com POSIX (Linux, macOS, Windows Subsystem for Linux, etc.).

Requisitos

Requisitos opcionais para este tutorial

Baixe o Nextflow

Digite este comando no seu terminal:

wget -qO- https://get.nextflow.io | bash

Ou, se preferir o curl:

curl -s https://get.nextflow.io | bash

Em seguida, certifique-se que o binário baixado é executável:

chmod +x nextflow

E coloque o executável nextflow em seu $PATH (por exemplo, /usr/local/bin ou /bin/)

Docker

Certifique-se de ter o Docker Desktop em execução em sua máquina. Baixe o Docker aqui.

Material de treinamento

Você pode ver o material de treinamento aqui: https://training.nextflow.io/

Para baixar o material use o comando:

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git

Em seguida, cd no diretório nf-training.

Verificando sua instalação

Verifique se o nextflow foi instalado corretamente executando o seguinte comando:

nextflow info

Isso deve mostrar a versão atual, sistema operacional e sistema de tempo de execução.

Gitpod

Um ambiente de desenvolvimento Nextflow pré-configurado está disponível no Gitpod.

Requisitos

  • Uma conta no GitHub
  • Navegador Web (Google Chrome, Firefox)
  • Conexão com a Internet

Gitpod quick start

Para executar o Gitpod:

Depois de fazer login, o Gitpod deve carregar (pule a pré-compilação, se solicitado).

Explore a interface de desenvolvimento do Gitpod

Agora você deve ver algo semelhante a imagem a seguir:

Gitpod welcome

  • A barra lateral permite que você personalize seu ambiente Gitpod e execute tarefas básicas (copiar, colar, abrir arquivos, pesquisar, git, etc.). Clique no botão Explorer para ver quais arquivos estão neste repositório.
  • O terminal permite que você execute todos os programas mencionados no repositório. Por exemplo, tanto nextflow quanto docker estão instalados e podem ser executados.
  • A janela principal permite visualizar e editar arquivos. Clique em um arquivo no explorer para abri-lo na janela principal. Você também deve ver o material de treinamento em uma das janelas (https://training.nextflow.io/).

Para testar se o ambiente está funcionando corretamente, digite o seguinte comando no terminal:

nextflow info

Isso deve mostrar a versão do Nextflow e as informações do sistema de tempo de execução:

Version: 22.10.4 build 5836
Created: 09-12-2022 09:58 UTC
System: Linux 5.15.0-47-generic
Runtime: Groovy 3.0.13 on OpenJDK 64-Bit Server VM 17.0.3-internal+0-adhoc..src
Encoding: UTF-8 (UTF-8)

Recursos do Gitpod

  • O Gitpod oferece 500 créditos gratuitos por mês, o que equivale a 50 horas de tempo de execução no ambiente de trabalho padrão (até 4 núcleos, 8 GB de RAM e 30 GB de armazenamento).
  • Há também uma opção de ambiente de trabalho que oferece até 8 núcleos, 16 GB de RAM e 50 GB de armazenamento. No entanto, o ambiente de trabalho grande usará seus créditos gratuitos mais rapidamente e você terá menos horas de acesso a esse ambiente.
  • Sua sessão no Gitpod expirará após 30 minutos de inatividade e suas alterações serão salvas por até 2 semanas (consulte a próxima seção para reabrir uma sessão expirada).

Acesse gitpod.io para mais detalhes.

Reabrindo uma sessão do Gitpod

Você pode reabrir um ambiente em https://gitpod.io/workspaces. Encontre seu ambiente anterior na lista, selecione as reticências (ícone de três pontos) e selecione Abrir.

Se você salvou a URL do seu ambiente Gitpod anterior, basta abri-lo em seu navegador.

Como alternativa, você pode iniciar um novo ambiente de trabalho seguindo a seguinte URL do Gitpod: https://gitpod.io/#https://github.com/nextflow-io/training

Se você perdeu seu ambiente, pode encontrar os principais scripts usados neste tutorial no diretório nf-training.

Salvando arquivos do Gitpod em sua máquina local

Para salvar qualquer arquivo a partir do Explorar na barra lateral, clique com o botão direito do mouse no arquivo e selecione Download.

Material do treinamento

O material do treinamento pode ser acessado através do seu navegador a partir de https://training.nextflow.io/

Selecionando a versão do Nextflow

Por padrão, o Nextflow baixará a versão estável mais recente para o seu ambiente.

No entanto, o Nextflow está em constante evolução à medida que fazemos melhorias e corrigimos bugs.

Os últimos lançamentos podem ser vistos no GitHub aqui.

Se você deseja usar uma versão específica do Nextflow, pode definir a variável NXF_VER conforme mostrado abaixo:

export NXF_VER=23.04.1

Note

Este treinamento requer NXF_VER=23.04.1, ou posterior. Esta versão usará a DSL2 como padrão.

Execute nextflow -version novamente para confirmar que a alteração entrou em vigor.