Seja bem vindo¶
Bem vindo ao treinamento básico do Nextflow¶
Estamos entusiasmados em tê-lo no caminho para escrever fluxos de trabalho científicos reprodutíveis e escaláveis usando o Nextflow. Este guia complementa a documentação oficial do Nextflow - se você tiver alguma dúvida, acesse a documentação oficial localizada aqui.
Ao final deste curso você deverá:
- Ser proficiente em escrever pipelines com o Nextflow
- Conhecer os conceitos básicos de Canais, Processos e Operadores no Nextflow
- Ter uma compreensão dos fluxos de trabalho usando contêineres
- Entender as diferentes plataformas de execução suportadas pelo Nextflow
- Sentir-se apresentado à comunidade e ecossistema do Nextflow
Visão geral¶
Para começar a usar o Nextflow o mais rápido possível, seguiremos as seguintes etapas:
- Configurar um ambiente de desenvolvimento para executar o Nextflow
- Explorar os conceitos do Nextflow usando alguns fluxos de trabalho básicos, incluindo uma análise de RNA-Seq com várias etapas
- Criar e usar contêineres do Docker para encapsular todas as dependências do fluxo de trabalho
- Mergulhar mais fundo na sintaxe principal do Nextflow, incluindo Canais, Processos e Operadores
- Cobrir cenários de implantação na nuvem e em clusters e explorar os recursos do Nextflow Tower
Isso lhe dará uma ampla compreensão do Nextflow para começar a escrever seus próprios pipelines. Esperamos que goste do curso! Este é um documento em constante evolução - feedback é sempre bem-vindo.