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2. Bienvenido

Nos complace acompañarlo en el camino para escribir flujos de trabajo científicos reproducibles y escalables usando Nextflow. Esta guía complementa la documentación completa de Nextflow; si alguna vez tienes alguna duda, diríjete a los documentos que se encuentran en el siguiente enlace.

2.1 Objetivos

Al final de este curso debería:

  1. Ser competente en la escritura de scripts de Nextflow
  2. Conocer los conceptos básicos de Nextflow de Canales, Procesos y Operadores
  3. Comprender los flujos de trabajo en contenedores
  4. Comprender las diferentes plataformas de ejecución compatibles con Nextflow
  5. Conocer la comunidad y el ecosistema de Nextflow

2.2 Sigue los videos de entrenamiento

Realizamos un evento de capacitación en línea gratuito para este curso aproximadamente cada seis meses. Los videos se transmiten a YouTube y las preguntas se manejan en la comunidad nf-core de Slack. Puedes ver la grabación del último entrenamiento (septiembre de 2023) en la lista de reproducción de YouTube aquí debajo:

Si el inglés no es su idioma preferido, puede resultarle útil seguir la capacitación del evento de marzo de 2023, que realizamos en múltiples idiomas. Tenga en cuenta que algunas partes del material de capacitación pueden haberse actualizado desde que se registró.

2.3 Descripción general

Para que comience con Nextflow lo más rápido posible, seguiremos los siguientes pasos:

  1. Configurar un entorno de desarrollo para ejecutar Nextflow
  2. Explorar los conceptos de Nextflow utilizando algunos flujos de trabajo básicos, incluido un análisis de RNA-Seq en varios pasos
  3. Crear y use contenedores Docker para encapsular todas las dependencias del flujo de trabajo
  4. Profundizar en la sintaxis central de Nextflow, incluidos canales, procesos y operadores
  5. Probar escenarios de implementación en la nube y explore las capacidades de Nextflow Tower

Esto te dará una amplia comprensión de Nextflow para comenzar a escribir tus propios flujos de trabajo. ¡Esperamos que disfrutes del curso! Este es un documento en constante evolución: los comentarios siempre son bienvenidos.