플러그인 개발¶
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Nextflow의 플러그인 시스템을 사용하면 사용자 정의 함수, 모니터링 훅, 실행 백엔드 등으로 언어를 확장할 수 있습니다. 플러그인을 통해 커뮤니티는 Nextflow의 코어를 수정하지 않고도 기능을 추가할 수 있으며, 파이프라인 간에 재사용 가능한 기능을 공유하는 데 적합합니다.
이 교육에서는 기존 플러그인을 사용하는 방법과 선택적으로 직접 플러그인을 만드는 방법을 학습합니다.
대상 및 사전 요구 사항¶
파트 1은 기존 플러그인 사용을 다루며 모든 Nextflow 사용자에게 해당됩니다. 파트 2~6은 직접 플러그인을 빌드하는 내용을 다루며 Groovy 코드와 빌드 도구를 사용합니다. Java 또는 Groovy 사전 경험은 필요하지 않습니다.
사전 요구 사항
- GitHub 계정 또는 여기에 설명된 로컬 설치 환경.
- Hello Nextflow 과정 또는 동등한 수준의 학습 완료.
- Java 21 이상 (교육 환경에 포함되어 있으며, 파트 2~6에서만 필요합니다).
작업 디렉토리: side-quests/plugin_development
학습 목표¶
이 교육을 마치면 다음을 수행할 수 있습니다:
플러그인 사용 (파트 1):
- 워크플로우에 기존 플러그인을 설치하고 설정합니다
- 플러그인 함수를 가져와 사용합니다
플러그인 개발 (파트 2~6):
- Nextflow의 내장 프로젝트 생성기를 사용하여 새 플러그인 프로젝트를 생성합니다
- 워크플로우에서 호출 가능한 사용자 정의 함수를 구현합니다
- 플러그인을 빌드, 테스트하고 로컬에 설치합니다
- 사용자 정의 로깅 또는 알림을 위해 워크플로우 이벤트(예: 작업 완료, 파이프라인 시작/종료)를 모니터링합니다
- 플러그인을 맞춤화할 수 있도록 설정 옵션을 추가합니다
- 플러그인을 배포합니다
학습 계획¶
파트 1: 플러그인 기초¶
Nextflow 워크플로우에서 기존 플러그인을 사용하고 동작을 설정합니다.
파트 2: 플러그인 프로젝트 생성¶
새 플러그인 프로젝트를 생성하고 구조를 살펴봅니다.
파트 3: 사용자 정의 함수¶
사용자 정의 함수를 구현하고, 플러그인을 빌드한 후 워크플로우에서 실행합니다.
파트 4: 테스트¶
Spock 프레임워크를 사용하여 단위 테스트를 작성하고 실행합니다.
파트 5: 워크플로우 모니터링¶
작업 완료와 같은 이벤트에 응답하여 작업 카운터를 구축합니다.
파트 6: 설정 및 배포¶
nextflow.config에서 설정을 읽어 플러그인을 맞춤화하고, 공유하는 방법을 학습합니다.
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