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3. Bienvenue

Nous sommes heureux de vous accompagner sur le chemin de rédaction de workflows scientifiques reproductibles et évolutifs en utilisant Nextflow. Ce guide complète toute la documentation de Nextflow - si vous avez des doutes, consultez la documentation située ici.

3.1 Objectifs

À la fin de ce cours, vous devriez:

  1. Maîtriser la redaction de workflows Nextflow
  2. Connaître les concepts de base de Nextflow : canaux, processus et opérateurs.
  3. Avoir une compréhension des workflows conteneurisés
  4. Comprendre les différentes plateformes d'exécution supportées par Nextflow
  5. Connaître la communauté et l'écosystème Nextflow

3.2 Suivez les vidéos de formation

Nous organisons un événement de formation en ligne gratuit pour ce cours environ tous les six mois. Les vidéos sont diffusées sur YouTube et les questions sont traitées dans la communauté nf-core Slack. Vous pouvez regarder l'enregistrement de la formation la plus récente (mars 2024) dans la playlist YouTube ci-dessous :

Si l'anglais n'est pas votre langue préférée, vous trouverez peut-être utile de suivre la formation de l'événement de mars 2023, que nous avons organisé plusieurs langues. Veuillez noter que certaines parties du matériel de formation peuvent avoir été mises à jour depuis leur enregistrement.

3.3 Aperçu

Pour que vous puissiez commencer à utiliser Nextflow le plus rapidement possible, nous allons suivre les étapes suivantes :

  1. Mettre en place un environnement de développement pour exécuter Nextflow
  2. Explorer les concepts de Nextflow en utilisant quelques workflows de base, y compris une analyse RNA-Seq en plusieurs étapes.
  3. Construire et utiliser des conteneurs Docker pour encapsuler toutes les dépendances des workflows.
  4. Approfondir la syntaxe de base de Nextflow, y compris les canaux, les processus et les opérateurs.
  5. Couvrir les scénarios de déploiement en cluster et en cloud et explorer les capacités de Nextflow Tower.

Cela vous donnera une large compréhension de Nextflow, pour commencer à écrire vos propres workflows. Nous espérons que vous apprécierez ce cours ! Il s'agit d'un document en constante évolution - les commentaires sont toujours les bienvenus.