Side Questscourse¶

Kursübersicht

KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen

Side Quests sind eigenständige Mini-Kurse, die tiefer in spezifische Nextflow-Themen eintauchen.

Jede Side Quest kann unabhängig und in beliebiger Reihenfolge absolviert werden – je nach deinen Interessen und Bedürfnissen.
Zusätzliche Informationen

Technische Voraussetzungen

Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Eine produktive Nextflow-Entwicklungsumgebung einrichten und konfigurieren
- Fortgeschrittene Scripting-Muster für komplexe Datentransformationen anwenden
- Metadaten in mehrstufigen Workflows verwalten und weitergeben
- Datenkanäle für parallele und serielle Verarbeitung aufteilen und gruppieren
- Nextflow-Workflows mit nf-test testen
- Komplexe Pipelines aus wiederverwendbaren benannten Workflow-Modulen zusammenstellen
- Effizient mit Dateien über Nextflow-Dateioperationen arbeiten
- Häufige Workflow-Probleme systematisch debuggen
- Nextflow-Plugins verwenden und entwickeln
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Zielgruppe: Diese Sammlung richtet sich an Lernende, die den Hello Nextflow Einsteiger-Kurs abgeschlossen haben und tiefer in spezifische Themen eintauchen möchten.
- Kenntnisse: Erfahrung mit der Kommandozeile und grundlegende Kenntnisse der Nextflow-Konzepte und -Werkzeuge werden vorausgesetzt.
- Kurse: Hello Nextflow oder Äquivalent muss abgeschlossen sein.

Kursübersicht¶

Wenn du zum ersten Mal die Side Quests erkundest, schau dir zuerst die Orientation-Seite an. Dort findest du einen Überblick über die Trainingsumgebung und die Materialien.

Side Quests¶

Side Quest	Zusammenfassung	Geschätzte Zeit
Development Environment	Eine produktive lokale Nextflow-Entwicklungsumgebung einrichten und konfigurieren	45 Min
Essential Scripting Patterns	Fortgeschrittene Scripting-Techniken für häufige Workflow-Herausforderungen	90 Min
File Input Processing	Dateiverarbeitung, Pfadoperationen und Organisation von Ausgaben	45 Min
Metadata and Meta Maps	Metadaten-Maps verwenden, um Probeninformationen zu verfolgen und weiterzugeben	45 Min
Splitting and Grouping	Techniken zum Aufteilen und Neugruppieren von Datenkanälen	45 Min
Testing with nf-test	Tests für Nextflow-Workflows schreiben und ausführen	1 Stunde
Troubleshooting Workflows	Häufige Workflow-Fehler identifizieren und beheben	1 Stunde
Workflows of Workflows	Komplexe Pipelines aus wiederverwendbaren benannten Workflow-Modulen zusammenstellen	30 Min
Plugin Development	Nextflow-Plugins verwenden und entwickeln	3 Stunden

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