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Scale with Seqeracourse

  • Resumo do curso

    Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

    Scale with Seqera é uma introdução prática ao lançamento e monitoramento de pipelines Nextflow com a Seqera Platform.

    Trabalhando com exemplos práticos, você vai configurar o acesso à Seqera Platform, executar um pipeline em escala de produção tanto pela interface web quanto pela linha de comando, e adicionar um novo pipeline ao seu workspace.

    Você sairá com as habilidades e a confiança necessárias para executar e monitorar seus próprios pipelines na Seqera Platform.

  • Informações adicionais

    Requisitos técnicos

    Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.

    Objetivos de aprendizado
    • Cadastre-se na Seqera Platform e explore o Community Showcase
    • Adicione um pipeline a um workspace e execute-o pela interface web
    • Autentique e execute pipelines pela linha de comando com o CLI tw
    • Registre um pipeline hospedado no GitHub e execute-o das duas formas
    Público e pré-requisitos
    • Público-alvo: Este curso é destinado a pessoas que desejam executar pipelines Nextflow em escala usando a Seqera Platform.
    • Habilidades: É esperada familiaridade com a execução de pipelines nf-core pela linha de comando.
    • Cursos: É necessário ter concluído Nextflow Run e Use nf-core, ou ter experiência equivalente com a execução de pipelines locais e do nf-core/rnaseq.

Visão geral do curso

Este curso é prático e se baseia nos pipelines que você já executou em Use nf-core.

Você começará se cadastrando na Seqera Platform e executando o nf-core/rnaseq, um pipeline em escala de produção, pela interface web. Em seguida, você vai usar a ferramenta de linha de comando tw para fazer o mesmo a partir de um terminal e, por fim, registrar um novo pipeline, o nf-core/demo, e executá-lo das duas formas.

Plano de aulas

Capítulo do curso Resumo Duração estimada
Parte 1: Executar pipelines pela interface web Configure o acesso à Seqera Platform e execute um pipeline em escala de produção pela interface web 20 min
Parte 2: Executar pipelines pela linha de comando Autentique o CLI tw, execute um pipeline salvo e registre um novo pipeline pela linha de comando 25 min

Ao final deste curso, você estará confortável para executar e monitorar pipelines Nextflow na Seqera Platform, seja pela interface web ou pela linha de comando.

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