Plugin Geliştirme¶
Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri
Nextflow'un plugin sistemi, dili özel fonksiyonlar, izleme kancaları, yürütme arka uçları ve daha fazlasıyla genişletmenize olanak tanır. Plugin'ler, topluluğun Nextflow'un çekirdeğini değiştirmeden yeni özellikler eklemesini sağlar; bu da onları pipeline'lar arasında yeniden kullanılabilir işlevselliği paylaşmak için ideal kılar.
Bu eğitim boyunca mevcut plugin'leri nasıl kullanacağınızı ve isteğe bağlı olarak kendi plugin'inizi nasıl oluşturacağınızı öğreneceksiniz.
Hedef kitle ve ön koşullar¶
- Bölüm, mevcut plugin'lerin kullanımını kapsar ve tüm Nextflow kullanıcıları için geçerlidir. 2-6. Bölümler, kendi plugin'inizi oluşturmayı ele alır ve Groovy kodu ile derleme araçlarını içerir. Önceden Java veya Groovy deneyimi gerekmez.
Ön koşullar
- Bir GitHub hesabı VEYA burada açıklandığı şekilde yerel kurulum.
- Hello Nextflow kursunu veya eşdeğerini tamamlamış olmak.
- Java 21 veya üzeri (eğitim ortamına dahildir; yalnızca 2-6. Bölümler için gereklidir).
Çalışma dizini: side-quests/plugin_development
Öğrenme hedefleri¶
Bu eğitimin sonunda şunları yapabileceksiniz:
Plugin kullanımı (1. Bölüm):
- Mevcut plugin'leri iş akışlarınıza kurmak ve yapılandırmak
- Plugin fonksiyonlarını içe aktarmak ve kullanmak
Plugin geliştirme (2-6. Bölümler):
- Nextflow'un yerleşik proje oluşturucusunu kullanarak yeni bir plugin projesi oluşturmak
- İş akışlarından çağrılabilecek özel fonksiyonlar uygulamak
- Plugin'inizi yerel olarak derlemek, test etmek ve kurmak
- Özel günlükleme veya bildirimler için iş akışı olaylarını (örn. görev tamamlama, pipeline başlangıcı/bitişi) izlemek
- Plugin'leri özelleştirilebilir kılmak için yapılandırma seçenekleri eklemek
- Plugin'inizi dağıtmak
Ders planı¶
1. Bölüm: Plugin temelleri¶
Mevcut plugin'leri bir Nextflow iş akışında kullanın ve davranışlarını yapılandırın.
2. Bölüm: Plugin projesi oluşturma¶
Yeni bir plugin projesi oluşturun ve yapısını inceleyin.
3. Bölüm: Özel fonksiyonlar¶
Özel fonksiyonlar uygulayın, plugin'inizi derleyin ve bir iş akışında çalıştırın.
4. Bölüm: Test etme¶
Spock framework'ü kullanarak birim testleri yazın ve çalıştırın.
5. Bölüm: İş akışı izleme¶
Görev sayacı oluşturmak için görev tamamlama gibi olaylara yanıt verin.
6. Bölüm: Yapılandırma ve Dağıtım¶
Plugin'inizi özelleştirilebilir kılmak için nextflow.config dosyasından ayarları okuyun, ardından nasıl paylaşacağınızı öğrenin.
Kursa başlamaya hazır mısınız?