Ana içeriğe geç

Kurs özeti

Yapay zeka destekli çeviri - daha fazla bilgi ve iyileştirme önerileri

Nextflow Run eğitim kursunu tamamladığınız için tebrikler! 🎉

Yolculuğunuz

Çok temel bir iş akışı ile başladınız ve onu çalıştırmayı, çıktıları bulmayı ve çalışmasını yönetmeyi öğrendiniz. Ardından, bu iş akışının giderek daha karmaşık versiyonları üzerinde çalıştınız ve kanal'lar ile operatörler, kod modülerleştirme ve konteynerlar dahil Nextflow pipeline'larına güç veren temel kavramları ve mekanizmaları tanımayı öğrendiniz. Son olarak, tercihlerinize ve hesaplama altyapınıza uyması için bir pipeline'ın yapılandırmasını nasıl özelleştireceğinizi öğrendiniz.

Ne öğrendiniz

Artık Hello pipeline'ının çalışmasını yönetebilir, nasıl yapılandırıldığını tanımlayabilir ve dahil olan ana kod parçalarını belirleyebilirsiniz.

  • Hello iş akışının son hali, girdi olarak metin selamlamaları içeren bir CSV dosyası alır.
  • Dört adım, ayrı modül dosyalarında saklanan Nextflow süreçleri olarak uygulanır (sayHello, convertToUpper, collectGreetings ve cowpy).
  • Sonuçlar results/ adlı bir dizine yayımlanır.
  • Pipeline'ın nihai çıktısı, büyük harfli selamlamaları söyleyen bir karakterin ASCII art'ını içeren düz metin dosyasıdır.
sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^
  1. sayHello: Her selamlamayı kendi çıktı dosyasına yazar (örn. "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Her selamlamayı büyük harfe dönüştürür (örn. "HELLO")
  3. collectGreetings: Tüm büyük harfli selamlamaları tek bir toplu dosyaya toplar
  4. cowpy: cowpy aracını kullanarak ASCII art oluşturur

İş akışı yapılandırması, girdilerin ve parametrelerin esnek, tekrarlanabilir bir şekilde sağlanmasını destekler.

Kazanılan beceriler

Bu uygulamalı kurs sayesinde şunları öğrendiniz:

  • Nextflow iş akışını yerel olarak başlatma
  • Nextflow tarafından oluşturulan çıktıları (sonuçlar) ve log dosyalarını bulma ve yorumlama
  • Basit çok adımlı bir iş akışını oluşturan temel Nextflow bileşenlerini tanıma
  • Operatörler ve kanal factory'leri gibi ileri adım kavramlarını tanımlama
  • Pipeline'ları farklı hesaplama ortamları için yapılandırma

Artık mevcut Nextflow pipeline'larını kendi çalışmanıza entegre etmeye başlamak için temel bilgilerle donatıldınız.

Becerilerinizi geliştirmek için sonraki adımlar

Sırada ne yapacağınız için en iyi önerilerimiz:

Son olarak, Nextflow'un yaratıcıları tarafından geliştirilen bulut tabanlı bir platform olan Seqera Platform'a bakmanızı öneririz; iş akışlarınızı başlatmayı ve yönetmeyi, verilerinizi yönetmeyi ve herhangi bir ortamda etkileşimli analizler çalıştırmayı çok daha kolay hale getirir.

Yardım alma

Yardım kaynakları ve topluluk desteği için Yardım sayfasına bakın.

Geri bildirim anketi

Devam etmeden önce, lütfen kurs anketini doldurmak için bir dakikanızı ayırın! Geri bildirimleriniz, eğitim materyallerimizi herkes için iyileştirmemize yardımcı olur.

Ankete katıl