Desarrollo de Plugins¶
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
El sistema de plugins de Nextflow le permite extender el lenguaje con funciones personalizadas, hooks de monitoreo, backends de ejecución y más. Los plugins permiten a la comunidad agregar funcionalidades a Nextflow sin modificar su núcleo, lo que los hace ideales para compartir funcionalidades reutilizables entre pipelines.
Durante esta capacitación, aprenderá a usar plugins existentes y, opcionalmente, a crear los suyos propios.
Audiencia y requisitos previos¶
La Parte 1 cubre el uso de plugins existentes y es relevante para todos los usuarios de Nextflow. Las Partes 2-6 cubren la creación de sus propios plugins e involucran código Groovy y herramientas de compilación. No se requiere experiencia previa en Java o Groovy.
Requisitos previos
- Una cuenta de GitHub O una instalación local como se describe aquí.
- Haber completado el curso Hello Nextflow o equivalente.
- Java 21 o posterior (incluido en el entorno de capacitación; solo necesario para las Partes 2-6).
Directorio de trabajo: side-quests/plugin_development
Objetivos de aprendizaje¶
Al finalizar esta capacitación, será capaz de:
Uso de plugins (Parte 1):
- Instalar y configurar plugins existentes en sus workflows
- Importar y usar funciones de plugins
Desarrollo de plugins (Partes 2-6):
- Crear un nuevo proyecto de plugin usando el generador de proyectos integrado de Nextflow
- Implementar funciones personalizadas que se puedan invocar desde workflows
- Compilar, probar e instalar su plugin localmente
- Monitorear eventos del workflow (por ejemplo, finalización de tareas, inicio/fin del pipeline) para registros personalizados o notificaciones
- Agregar opciones de configuración para hacer los plugins personalizables
- Distribuir su plugin
Plan de lecciones¶
Parte 1: Conceptos básicos de plugins¶
Use plugins existentes en un workflow de Nextflow y configure su comportamiento.
Parte 2: Crear un proyecto de plugin¶
Genere un nuevo proyecto de plugin y examine su estructura.
Parte 3: Funciones personalizadas¶
Implemente funciones personalizadas, compile su plugin y ejecútelo en un workflow.
Parte 4: Pruebas¶
Escriba y ejecute pruebas unitarias usando el framework Spock.
Parte 5: Monitoreo de workflows¶
Responda a eventos como la finalización de tareas para construir un contador de tareas.
Parte 6: Configuración y distribución¶
Lea configuraciones desde nextflow.config para hacer su plugin personalizable y luego aprenda cómo compartirlo.
¿Listo para tomar el curso?