Nextflow para RNAseqcourse¶
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Resumen del curso
Traducción asistida por IA - más información y sugerencias
Un curso práctico que aplica Nextflow a un caso de uso real de transcriptómica: procesamiento de RNAseq masivo con Trim Galore, HISAT2 y FastQC.
Este curso se basa en el entrenamiento para principiantes Hello Nextflow y demuestra cómo usar Nextflow en el contexto específico del análisis de RNAseq masivo. Implementará un pipeline de procesamiento que recorta secuencias adaptadoras, alinea las lecturas a un genoma de referencia y realiza control de calidad (QC) en varias etapas.
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Información adicional
Requisitos técnicos
Necesitarás una cuenta de GitHub O una instalación local de Nextflow. Consulta Opciones de entorno para más detalles.
Objetivos de aprendizaje
- Escribir un workflow lineal para aplicar métodos básicos de procesamiento de RNAseq y QC
- Manejar apropiadamente archivos específicos del dominio como FASTQ y recursos de genoma de referencia
- Manejar datos de secuenciación de extremo simple y extremo pareado
- Aprovechar el paradigma de flujo de datos de Nextflow para paralelizar el procesamiento de RNAseq por muestra
- Agregar reportes de QC a través de múltiples pasos y muestras usando operadores de canal relevantes
Audiencia y prerrequisitos
- Audiencia: Este curso está diseñado para investigadores en transcriptómica y campos relacionados que deseen desarrollar o personalizar pipelines de análisis de datos.
- Habilidades: Se asume cierta familiaridad con la línea de comandos, conceptos básicos de scripting y formatos de archivo comunes de RNAseq.
- Requisitos previos: Conceptos fundamentales de Nextflow y herramientas cubiertas en Hello Nextflow.
Descripción general del curso¶
Este curso es práctico, con ejercicios orientados a objetivos estructurados para introducir información gradualmente.
Comenzará ejecutando las herramientas de procesamiento manualmente en la terminal para comprender la metodología, luego construirá progresivamente un pipeline de Nextflow que automatiza y escala el análisis.
Plan de lecciones¶
Hemos dividido esto en tres partes que se enfocan en aspectos específicos de aplicar Nextflow a un caso de uso de RNAseq.
| Capítulo del curso | Resumen | Duración estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Descripción del método | Comprender la metodología de procesamiento de RNAseq y ejecutar las herramientas manualmente | 30 mins |
| Parte 2: Implementación de muestra única | Construir un pipeline que recorta, alinea y realiza QC de una sola muestra, luego escala para manejar múltiples muestras | 60 mins |
| Parte 3: Implementación multi-muestra de extremo pareado | Extender el pipeline para manejar datos de extremo pareado y agregar reportes de QC a través de muestras | 45 mins |
Al finalizar este curso, podrá aplicar conceptos fundamentales de Nextflow y herramientas a un caso de uso típico de RNAseq.
¿Listo para tomar el curso?