Développement de plugins¶
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Le système de plugins de Nextflow vous permet d'étendre le langage avec des fonctions personnalisées, des hooks de surveillance, des backends d'exécution, et bien plus encore. Les plugins permettent à la communauté d'ajouter des fonctionnalités à Nextflow sans modifier son cœur, ce qui les rend idéaux pour partager des fonctionnalités réutilisables entre pipelines.
Au cours de cette formation, vous apprendrez à utiliser des plugins existants et, si vous le souhaitez, à créer les vôtres.
Public & prérequis¶
La partie 1 couvre l'utilisation de plugins existants et s'adresse à tous les utilisateur·trices de Nextflow. Les parties 2 à 6 couvrent la création de vos propres plugins et impliquent du code Groovy ainsi que des outils de build. Aucune expérience préalable en Java ou en Groovy n'est requise.
Prérequis
- Un compte GitHub OU une installation locale telle que décrite ici.
- Avoir suivi le cours Hello Nextflow ou équivalent.
- Java 21 ou version ultérieure (inclus dans l'environnement de formation ; uniquement nécessaire pour les parties 2 à 6).
Répertoire de travail : side-quests/plugin_development
Objectifs pédagogiques¶
À la fin de cette formation, vous serez en mesure de :
Utiliser des plugins (Partie 1) :
- Installer et configurer des plugins existants dans vos workflows
- Importer et utiliser des fonctions de plugins
Développer des plugins (Parties 2 à 6) :
- Créer un nouveau projet de plugin à l'aide du générateur de projets intégré de Nextflow
- Implémenter des fonctions personnalisées appelables depuis des workflows
- Compiler, tester et installer votre plugin localement
- Surveiller les événements du workflow (par exemple, la fin d'une tâche, le démarrage/l'arrêt d'un pipeline) pour des journaux ou des notifications personnalisés
- Ajouter des options de configuration pour rendre les plugins personnalisables
- Distribuer votre plugin
Plan de cours¶
Partie 1 : Les bases des plugins¶
Utiliser des plugins existants dans un workflow Nextflow et configurer leur comportement.
Partie 2 : Créer un projet de plugin¶
Générer un nouveau projet de plugin et examiner sa structure.
Partie 3 : Fonctions personnalisées¶
Implémenter des fonctions personnalisées, compiler votre plugin et l'exécuter dans un workflow.
Partie 4 : Tests¶
Écrire et exécuter des tests unitaires à l'aide du framework Spock.
Partie 5 : Surveillance du workflow¶
Réagir à des événements tels que la fin d'une tâche pour construire un compteur de tâches.
Partie 6 : Configuration & Distribution¶
Lire des paramètres depuis nextflow.config pour rendre votre plugin personnalisable, puis apprendre à le partager.
Prêt·e à suivre le cours ?