Nextflow para RNAseq

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Este curso de treinamento é destinado a pesquisadores em transcriptômica e áreas relacionadas que estão interessados em desenvolver ou personalizar pipelines de análise de dados. Ele se baseia no treinamento para iniciantes Hello Nextflow e demonstra como usar Nextflow no contexto específico de análise de RNAseq bulk.

Especificamente, este curso demonstra como implementar um pipeline simples de processamento de RNAseq bulk para remover sequências adaptadoras, alinhar as reads a um genoma de referência e realizar controle de qualidade (QC) em várias etapas.

Vamos começar! Clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo para iniciar o ambiente de treinamento (preferencialmente em uma aba separada), depois continue lendo enquanto ele carrega.

Objetivos de aprendizagem

Ao trabalhar neste curso, você aprenderá como aplicar conceitos e ferramentas fundamentais do Nextflow a um caso de uso típico de RNAseq.

Ao final deste workshop, você será capaz de:

• Escrever um fluxo de trabalho linear para aplicar métodos básicos de processamento e QC de RNAseq
• Manipular arquivos específicos do domínio, como FASTQ e recursos de genoma de referência, de forma apropriada
• Manipular dados de sequenciamento single-end e paired-end
• Aproveitar o paradigma de dataflow do Nextflow para paralelizar o processamento de RNAseq por amostra
• Agregar relatórios de QC através de múltiplas etapas e amostras usando operadores de canal relevantes

Pré-requisitos

O curso assume alguma familiaridade mínima com o seguinte:

• Ferramentas e formatos de arquivo comumente usados neste domínio científico
• Experiência com a linha de comando
• Conceitos e ferramentas fundamentais do Nextflow abordados no treinamento para iniciantes Hello Nextflow

Para requisitos técnicos e configuração do ambiente, consulte o mini-curso Configuração do Ambiente.