Resumo do curso¶
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Parabéns por concluir o curso de treinamento Hello nf-core! 🎉
Sua jornada¶
Você começou aprendendo a recuperar e executar um pipeline de demonstração, depois enfrentou a conversão de um fluxo de trabalho simples do Nextflow em um pipeline nf-core. Você aprendeu como criar uma estrutura de pipeline usando um template e enxertou o pipeline existente nessa estrutura. Em seguida, você refinou gradualmente o pipeline substituindo um dos módulos locais por um módulo nf-core, transformou outro dos módulos locais para se adequar aos padrões nf-core e adicionou validação de entrada.
O que você construiu¶
Seu pipeline final core-hello agora possui:
- Estrutura padronizada usando o template nf-core com diretórios organizados para fluxos de trabalho, subfluxos de trabalho, módulos e configuração
- Módulos da comunidade do repositório nf-core (
cat/cat) junto com seus módulos personalizados - Validação abrangente que verifica tanto parâmetros quanto dados de entrada antes da execução do pipeline
- Configuração profissional com perfis para diferentes ambientes de execução
- Documentação completa e metadados seguindo as convenções nf-core
Principais habilidades adquiridas¶
Através deste curso prático, você aprendeu a:
- Navegar e entender a estrutura de pipelines nf-core explorando um pipeline existente
- Reestruturar fluxos de trabalho para serem compostos e se ajustarem ao template nf-core
- Encontrar e integrar módulos pré-construídos do repositório da comunidade
- Criar módulos personalizados seguindo os padrões nf-core para nomenclatura, estrutura e metadados
- Implementar validação usando nf-schema para detectar erros precocemente com feedback claro
Você está agora equipado com o conhecimento fundamental para construir pipelines nf-core prontos para produção que seguem as melhores práticas da comunidade.
Próximos passos para desenvolver suas habilidades¶
Aqui estão nossas 3 principais sugestões para o que fazer a seguir:
- Aplique Nextflow a um caso de uso de análise científica com Nextflow for Science
- Explore recursos mais avançados do Nextflow com as Side Quests
- Envolva-se juntando-se à comunidade nf-core.
Por fim, recomendamos que você dê uma olhada na Seqera Platform, uma plataforma baseada em nuvem desenvolvida pelos criadores do Nextflow que torna ainda mais fácil lançar e gerenciar seus fluxos de trabalho, além de gerenciar seus dados e executar análises interativamente em qualquer ambiente.
Pesquisa de feedback¶
Antes de prosseguir, reserve um minuto para completar a pesquisa do curso! Seu feedback nos ajuda a melhorar nossos materiais de treinamento para todos.