Hello nf-corecourse¶
-
Resumo do curso
Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias
Hello nf-core é uma introdução prática ao uso de recursos e melhores práticas do nf-core.
Através de exemplos práticos e exercícios guiados, você aprenderá a usar e desenvolver módulos e pipelines compatíveis com nf-core, e a utilizar as ferramentas nf-core de forma eficaz.
Você adquirirá as habilidades e a confiança para começar a desenvolver pipelines de acordo com as melhores práticas do nf-core.
-
Informações adicionais
Requisitos técnicos
Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.
Objetivos de aprendizado
- Recuperar, executar e gerenciar a execução de pipelines nf-core
- Descrever a estrutura do código e a organização do projeto dos pipelines nf-core
- Criar um pipeline básico compatível com nf-core a partir de um template
- Atualizar um fluxo de trabalho Nextflow simples para se adequar aos padrões nf-core
- Adicionar módulos nf-core a um pipeline compatível com nf-core
- Contribuir com seus próprios módulos para o nf-core
- Validar entradas e parâmetros usando ferramentas nf-core
Público e pré-requisitos
- Público: Este curso é projetado para alunos que já estão familiarizados com Nextflow básico e querem aprender a usar recursos e melhores práticas do nf-core.
- Habilidades: Familiaridade com a linha de comando, conceitos básicos de script e formatos de arquivo comuns é assumida.
- Cursos: Deve ter completado o curso Hello Nextflow ou equivalente.
- Domínio: Os exercícios são todos agnósticos de domínio, portanto nenhum conhecimento científico prévio é necessário.
Visão geral do curso¶
Este curso é projetado para ser prático, com exercícios orientados a objetivos estruturados para introduzir informações gradualmente.
Você será apresentado ao nf-core, um esforço comunitário para desenvolver e manter um conjunto curado de pipelines científicos construídos usando Nextflow, bem como ferramentas e diretrizes relevantes que promovem desenvolvimento aberto, testes e revisão por pares (Nat Biotechnol 38, 276–278 (2020), Genome Biol 26, 228 (2025)).
Os pipelines desenvolvidos pela comunidade nf-core são projetados para serem modulares, escaláveis e portáteis, permitindo que pesquisadores os adaptem e executem facilmente usando seus próprios dados e recursos computacionais. As diretrizes de melhores práticas aplicadas pelo projeto garantem ainda que os pipelines sejam robustos, bem documentados e validados contra conjuntos de dados do mundo real. Isso ajuda a aumentar a confiabilidade e reprodutibilidade das análises científicas e, em última análise, permite que pesquisadores acelerem suas descobertas científicas.
Não cobriremos tudo o que há para saber sobre pipelines nf-core neste curso, porque o nf-core abrange muitos recursos e convenções desenvolvidos pela comunidade ao longo dos anos. Em vez disso, focaremos nos conceitos essenciais que ajudarão você a começar e entender como o nf-core funciona.
Plano de aulas¶
Dividimos isso em cinco partes, cada uma focando em aspectos específicos do uso de recursos nf-core.
| Capítulo do curso | Resumo | Duração estimada |
|---|---|---|
| Parte 1: Execute um pipeline demo | Execute um pipeline nf-core existente e examine sua estrutura de código para ter uma noção do que torna esses pipelines diferentes de fluxos de trabalho Nextflow básicos | 30 minutos |
| Parte 2: Reescreva Hello para nf-core | Adapte um fluxo de trabalho existente ao modelo de estrutura nf-core, começando pelo fluxo de trabalho simples produzido no curso Hello Nextflow | 60 minutos |
| Parte 3: Use um módulo nf-core | Explore a biblioteca de módulos da comunidade e aprenda a integrar módulos pré-construídos e testados que encapsulam ferramentas de bioinformática comuns | 30 minutos |
| Parte 4: Crie um módulo nf-core | Crie seu próprio módulo no estilo nf-core usando a estrutura específica, convenções de nomenclatura e requisitos de metadados estabelecidos pelo nf-core | 30 minutos |
| Parte 5: Adicione validação de entrada | Implemente validação de entrada tanto para parâmetros de linha de comando quanto para arquivos de dados de entrada usando nf-schema | 30 minutos |
Ao final deste curso, você será capaz de aproveitar a enorme riqueza de recursos oferecidos pelo projeto nf-core.
Pronto para fazer o curso?