Hello Nextflow

Olá! Agora você está no caminho para escrever fluxos de trabalho científicos que são reproduzíveis e escaláveis ​​usando o Nextflow.

O surgimento do big data tornou cada vez mais necessário ser capaz de analisar e executar experimentos em grandes conjuntos de dados de forma portável e reproduzível. Paralelização e computação distribuída são as melhores maneiras de lidar com esse desafio, mas as ferramentas comumente disponíveis para cientistas computacionais geralmente não têm um bom suporte para essas técnicas ou fornecem um modelo que se encaixa mal com as necessidades dos cientistas computacionais. O Nextflow foi criado especialmente para lidar com esses desafios.

Durante este treinamento, você será apresentado ao Nextflow em uma série de workshops práticos complementares.

Vamos começar!

Objetivos de aprendizagem

Neste workshop, você aprenderá conceitos fundamentais para a construção de pipelines.

Ao final deste workshop você será capaz de:

• Descrever e utilizar os principais componentes do Nextflow o suficiente para criar um fluxo de trabalho simples de várias etapas
• Descrever conceitos como operadores e fábricas de canal
• Lançar um fluxo de trabalho localmente com Nextflow
• Encontrar e interpretar saídas (resultados) e arquivos de log gerados pelo Nextflow
• Solucionar problemas básicos

Público e pré-requisitos

Este é um workshop para aqueles que são completamente novos no Nextflow. Alguma familiaridade básica com a linha de comando e formatos de arquivo comuns é assumida.

Pré-requisitos

• Uma conta GitHub
• Experiência com linha de comando