Devcontainers Locais¶

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Se você tem uma instalação local do Docker ou está disposto a instalar uma, a maneira mais fácil de trabalhar localmente com esses materiais é usar o recurso de devcontainer do Visual Studio Code. Essa abordagem fornece todas as ferramentas e dependências necessárias sem exigir instalação manual.

Requisitos¶

Para usar a configuração de devcontainer local, você precisará de:

Visual Studio Code
Uma instalação local do Docker, por exemplo:
Docker Desktop (para Windows/macOS)
Docker Engine (para Linux)
Colima (alternativa para macOS)
Docker Buildx (incluído no Docker Desktop, mas pode precisar de instalação separada com outras configurações do Docker)
Extensão Dev Containers para VS Code

Sua instalação do Docker deve estar em execução antes de você tentar abrir o devcontainer.

Para verificar se o Docker buildx está disponível, execute:

docker buildx version

Se este comando falhar, você precisará instalar a extensão buildx antes de prosseguir.

Instruções de Configuração¶

Siga estas etapas para configurar seu ambiente local usando devcontainers do VS Code:

Instalar a extensão "Dev Containers" no VS Code¶

Abra o VS Code
Vá para Extensões (Ctrl+Shift+X ou Cmd+Shift+X no macOS)
Pesquise por "Dev Containers"
Clique em "Install"

Instalando a extensão Dev Containers no VS Code

Clone o repositório:¶

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
cd training

Abra o repositório no VS Code:¶

Inicie o VS Code
Selecione File -> Open Folder no menu
Navegue até e selecione a pasta do repositório de treinamento que você acabou de clonar
Clique em Open

Reabrir no Contêiner¶

Se solicitado pelo VS Code para "Reopen in Container", clique nele. Alternativamente:

Pressione F1 (ou Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P no macOS)
Digite "Dev Containers: Reopen in Container"
Importante: Quando solicitado a selecionar uma configuração, escolha a configuração de devcontainer local-dev

Prompt Reopen in Container

Selecionando configuração local

Aguarde a construção do contêiner. Isso pode levar alguns minutos na primeira vez, pois ele baixa e configura todos os componentes necessários.

Uma vez que o contêiner esteja construído e em execução, você terá um ambiente totalmente configurado com todas as ferramentas necessárias instaladas, incluindo:

Java
Nextflow
Docker
Git
E todas as outras dependências necessárias para o treinamento

VS Code com devcontainer em execução

Benefícios de Usar Devcontainers¶

Usar a abordagem de devcontainer oferece várias vantagens:

Consistência: Garante um ambiente de desenvolvimento consistente em diferentes máquinas
Simplicidade: Todas as dependências são pré-instaladas e configuradas
Isolamento: O ambiente de desenvolvimento é isolado do seu sistema local
Reprodutibilidade: Todos que usam o devcontainer obtêm a mesma configuração
Sem instalação manual: Não é necessário instalar manualmente Java, Nextflow e outras ferramentas

Verificando Seu Ambiente¶

Uma vez que seu devcontainer esteja em execução, você pode verificar se tudo está configurado corretamente executando:

nextflow info

Isso deve exibir a versão do Nextflow e informações de tempo de execução, confirmando que seu ambiente está configurado corretamente.

Solução de Problemas¶

Se você encontrar problemas com a configuração do devcontainer:

Certifique-se de que sua instalação do Docker (Docker Desktop, Colima, Docker Engine, etc.) está em execução antes de abrir o devcontainer
Verifique se você selecionou a configuração local-dev quando solicitado
Verifique se o Docker buildx está instalado e funcionando executando docker buildx version
Se o contêiner falhar ao construir, tente reconstruí-lo executando o comando "Dev Containers: Rebuild Container"
Para problemas persistentes, consulte o guia de solução de problemas do VS Code Dev Containers