6. Orientação¶
O ambiente do Gitpod contem dados de teste que serão utilizados nesse treinamento.
Note
Vá para este link se você ainda não configurou seu ambiente no Gitpod.
6.1 Começando¶
Você irá completar esse módulo na pasta nf-training/.
Nessa pasta você irá encontrar vários arquivos de dados (ggal, index, meta...) e também alguns scripts e arquivos de configuração.
.
├── data
│ ├── ggal
│ │ └── <data files>
│ ├── index
│ │ └── <data files>
│ ├── meta
│ │ └── <data files>
│ ├── prots
│ │ └── <data files>
│ ├── reads
│ │ └── <data files>
│ └── test
│ └── <data files>
├── env.yml
├── hello.nf
├── hello_py.nf
├── modules.hello.nf
├── nextflow.config
├── script1.nf
├── script2.nf
├── script3.nf
├── script4.nf
├── script5.nf
├── script6.nf
├── script7.nf
└── snippet.nf
Cada arquivo será utilizado nesse treinamento.
6.2 Escolhendo uma versão do Nextflow¶
Por padrão, o Nextflow irá trazer a última versão estável para seu ambiente.
No entanto, Nextflow vive em uma evolução constante na medida que melhorias são implementadas.
As últimas versões podem ser conferidas no GitHub, aqui.
Se você deseja utilizar uma versão específica do Nextflow, você pode configurar a variável NXF_VER como mostrado abaixo:
Exercise
Abra o ambiente de treinamento no Gitpod e use o seguinte comando para ir até a pasta nf-customize. Visualize os arquivos nessa pasta utilizando o comando tree:
6.3 Variáveis do ambiente¶
Por padrão, o Nextflow irá trazer a última versão estável para seu ambiente.
No entanto, Nextflow vive em uma evolução constante na medida que melhorias são implementadas.
As últimas versões podem ser conferidas no GitHub, aqui.
Se você deseja utilizar uma versão específica do Nextflow, você pode configurar a variável NXF_VER como mostrado abaixo:
Note
Esse material requer uma versão igual ou posterior a NXF_VER=23.10.1.
Se você exportou a variável NXF_VER como acima, execute nextflow -version novamente para confirmar que suas mudanças foram aplicadas.