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3. Bem vindo ao treinamento básico do Nextflow

Estamos entusiasmados em tê-lo no caminho para escrever fluxos de trabalho científicos reprodutíveis e escaláveis usando o Nextflow. Este guia complementa a documentação oficial do Nextflow - se você tiver alguma dúvida, acesse a documentação oficial localizada aqui.

3.1 Objetivos

Ao final deste curso você deverá:

  1. Ser proficiente em escrever fluxos de trabalho com o Nextflow
  2. Conhecer os conceitos básicos de Canais, Processos e Operadores no Nextflow
  3. Ter uma compreensão dos fluxos de trabalho usando contêineres
  4. Entender as diferentes plataformas de execução suportadas pelo Nextflow
  5. Sentir-se apresentado à comunidade e ao ecossistema do Nextflow

3.2 Acompanhe os vídeos de treinamento

Realizamos um evento de treinamento online gratuito para este curso aproximadamente a cada seis meses. Os vídeos são transmitidos no YouTube e as perguntas são respondidas na comunidade nf-core do Slack. Você pode assistir à gravação do treinamento mais recente (março de 2024) na Playlist do YouTube abaixo:

Se o inglês não for seu idioma preferido, pode ser útil seguir o treinamento do evento de março de 2023, que realizamos em múltiplos idiomas. Observe que algumas partes do material de treinamento podem ter sido atualizadas desde que foi gravado.

3.3 Visão geral

Para começar a usar o Nextflow o mais rápido possível, seguiremos as seguintes etapas:

  1. Configurar um ambiente de desenvolvimento para executar o Nextflow
  2. Explorar os conceitos do Nextflow usando alguns fluxos de trabalho básicos, incluindo uma análise de RNA-Seq com várias etapas
  3. Criar e usar contêineres do Docker para encapsular todas as dependências do fluxo de trabalho
  4. Mergulhar mais fundo na sintaxe principal do Nextflow, incluindo Canais, Processos e Operadores
  5. Cobrir cenários de implantação na nuvem e em clusters e explorar os recursos do Nextflow Tower

Isso lhe dará uma ampla compreensão do Nextflow para começar a escrever seus próprios fluxos de trabalho. Esperamos que goste do curso! Este é um documento em constante evolução - feedback é sempre bem-vindo.