1. Treinamentos Nextflow¶
Seja bem vindo ao portal de treinamentos da comunidade do Nextflow!
Temos vários treinamentos distintos disponíveis neste site. Role para baixo para encontrar o que se adequa a suas necessidades.
Os treinamentos listados abaixo foram construídos de modo que você possa fazê-los de forma independente; você pode trabalhar neles sozinho a qualquer momento (veja Configuração do Ambiente para detalhes práticos). No entanto, você pode usufruir ainda mais desses materiais ao participar de um evento de treinamento em grupo.
- Eventos online gratuitos são realizados regularmente pela comunidade nf-core, veja a página de eventos nf-core para mais informações.
- A Seqera (a empresa que desenvolve o Nextflow) realiza uma variedade de eventos de treinamento. Veja a página Seqera Events e procure por 'Seqera Sessions' e 'Nextflow Summit'.
- Nosso time de Comunidade também ministra regularmente treinamentos hospedados por outras organizações; anúncios e inscrições para eles são normalmente gerenciados por essas organizações.
Quando decidir começar o treinamento, clique no botão 'Abrir no Gitpod', nesta página ou na página de índice do treinamento escolhido, para abrir um ambiente de treinamento dentro do seu próporio navegador (requer uma conta gratuita no GitHub).
1.1 Configuração do Ambiente¶
Configuração do Ambiente
Essencial para configurar seu ambiente pela primeira vez.
Instruções para configurar seu ambiente para trabalhar por meio dos materiais de treinamento desse portal. Fornece uma orientação para o Gitpod, bem como instruções de instalação alternativas para trabalhar em sua própria máquina local.
1.2 Nextflow para iniciantes¶
Hello Nextflow
Uma série de treinamento modular para começar a usar o Nextflow.
Este é um treinamento básico para aqueles que são completamente novos no Nextflow. Ele consiste em uma série de módulos de treinamento que são projetados para ajudar os alunos a desenvolver suas habilidades progressivamente. A série abrange os principais componentes da linguagem Nextflow, bem como práticas essenciais de design e desenvolvimento de pipeline e uso eficaz de recursos de terceiros.
1.3 Treinamento aprofundado em Nextflow¶
Fundamentals Training
Material de treinamento abrangente para explorar todo o escopo dos recursos do Nextflow.
O treinamento Fundamentals Training abrange tudo sobre o Nextflow. Excelente material de referência para qualquer um que queira construir fluxos de trabalho complexos com o Nextflow.
Advanced Training
Material de treinamento avançado para dominar o Nextflow.
Material avançado explorando os recursos mais avançados da linguagem e da ferramenta Nextflow e como usá-los para escrever fluxos de trabalho intensivos em dados, eficientes e escaláveis.
1.4 Outros/Em desenvolvimento¶
Configure a execução de um pipeline nf-core
Este treinamento ajudará você a entender como personalizar a execução de um pipeline nf-core.
Um tutorial "aprenda fazendo" com foco na configuração de pipelines nf-core.
Desenvolva um pipeline com o modelo nf-core
Este treinamento ajudará você a entender a estrutura do modelo de pipeline nf-core.
Um tutorial de desenvolvimento de pipeline "aprenda fazendo" com foco no desenvolvimento de um pipeline com o modelo nf-core.
Troubleshooting exercises
Este treinamento ajudará você a solucionar erros comuns em pipeline.
Um tutorial de solução de problemas "aprenda fazendo" para desenvolvedores e usuários de pipeline.
1.5 Obsoleto¶
Simple RNA-seq variant calling
Um breve tutorial prático focado em um exemplo concreto de pipeline de análise.
Este curso foi desenvolvido como um tutorial "aprender fazendo", com a intenção de ser uma maneira rápida e prática de entender o Nextflow usando um exemplo de pipeline de análise muito concreto. Você ainda pode encontrar os materiais no repositório do GitHub, mas ele não está mais sendo mantido e não pode mais ser iniciado no Gitpod ou no portal de treinamento.
1.6 Recursos¶
Referência rápida para alguns links úteis:
| Reference | Community |
|---|---|
| Documentação do Nextflow | Slack do Nextflow |
| Página do Nextflow | Página do nf-core |
| Página da Seqera | Seqera Community Forum |
Não sabe para onde ir? Confira a página Obtendo ajuda.
1.7 Créditos e contribuições¶
Este material de treinamento é desenvolvido e mantido pela Seqera e lançado sob uma licença de código aberto (CC BY-NC-ND) para o benefício da comunidade. Sinta-se à vontade para reutilizar esses materiais de acordo com os termos da licença. Se você administra seus próprios treinamentos, ensinando terceiros, adoraríamos saber como está indo e o que poderíamos fazer para facilitar.
Aceitamos correções e melhorias da comunidade. Cada página tem um ícone no canto superior direito da página, que te levará ao GitHub, onde você pode propor alterações no material de treinamento por meio de uma solicitação de pull.
