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El pipeline Hello

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

La mayoría de nuestros cursos de entrenamiento utilizan un pipeline simple e independiente del dominio para demostrar conceptos y mecanismos de Nextflow. El curso Hello Nextflow muestra cómo desarrollar este pipeline paso a paso, explicando cada decisión de diseño e implementación. Otros entrenamientos utilizan este pipeline, o partes de él, como punto de partida.

Esta página resume el estado del pipeline tal como está al completar el curso Hello Nextflow.

Descripción resumida

El workflow Hello toma un archivo CSV que contiene saludos, los escribe en archivos separados, convierte cada uno a mayúsculas, los recopila nuevamente y genera un único archivo de texto que contiene una imagen ASCII de un personaje divertido diciendo los saludos.

Pasos del workflow (procesos)

Los cuatro pasos están implementados como processes de Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings y cowpy) almacenados en archivos de módulo separados.

  1. sayHello: Escribe cada saludo en su propio archivo de salida (por ejemplo, "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Convierte cada saludo a mayúsculas (por ejemplo, "HELLO")
  3. collectGreetings: Recopila todos los saludos en mayúsculas en un único archivo de lote
  4. cowpy: Genera arte ASCII usando la herramienta cowpy

Diagrama

sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^

Resultados

Los resultados se publican en un directorio llamado results/, y la salida final del pipeline (cuando se ejecuta con parámetros predeterminados) es un archivo de texto plano que contiene arte ASCII de un pavo diciendo los saludos en mayúsculas.

results/cowpy-COLLECTED-test-batch-output.txt
  _________
/ BONJOUR \
| HELLO   |
\ HOLà    /
---------
  \                                  ,+*^^*+___+++_
  \                           ,*^^^^              )
    \                       _+*                     ^**+_
    \                    +^       _ _++*+_+++_,         )
              _+^^*+_    (     ,+*^ ^          \+_        )
            {       )  (    ,(    ,_+--+--,      ^)      ^\
            { (\@)    } f   ,(  ,+-^ __*_*_  ^^\_   ^\       )
          {:;-/    (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_    )    )      /
          ( /  (    (        ,___    ^*+_+* )   <    <      \
          U _/     )    *--<  ) ^\-----++__)   )    )       )
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Puede encontrar algunas variaciones en los detalles específicos dependiendo del curso en el que se presenta el pipeline.

Seqera

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