Prochaines Étapes - Transcription¶
Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations
Notes importantes
Cette page affiche uniquement la transcription. Pour les instructions détaillées étape par étape, retournez au matériel de formation.
Bienvenue¶
Félicitations, vous l'avez fait. Vous avez terminé le premier cours de formation Nextflow, appelé Hello Nextflow.
Bravo. Merci d'avoir persévéré et nous apprécions vraiment le temps et les efforts que vous avez consacrés à l'apprentissage de Nextflow, et nous espérons sincèrement que cela vous sera utile dans votre travail.
Prochaines Étapes¶
Pour les prochaines étapes, gardez un œil sur le portail de formation : training.nextflow.io. Nous publions constamment de nouveaux contenus de formation et les actualisons également. Vous pourrez donc peut-être trouver des formations plus avancées, ou des formations spécifiques à un domaine de recherche qui vous intéresse.
Plus particulièrement, consultez la page Nextflow for Science. Elle propose une série de cours courts qui sont autonomes et qui étendent ce que vous avez appris dans Hello Nextflow à des cas d'usage spécifiques.
Il y en a un pour la génomique et également un pour le RNA-seq. Nous espérons en proposer d'autres prochainement.
Quêtes Secondaires¶
Il y a beaucoup de sujets dont nous aurions pu parler dans Hello Nextflow, mais qui auraient été trop détaillés. Certains de ces sujets sont intégrés dans les Quêtes Secondaires, qui sont de courts cours sur des thématiques spécifiques.
Il existe également les cours plus complets de formation fondamentale et de formation avancée, qui peuvent inclure du contenu qui vous intéresse.
nf-core¶
Cela a été mentionné une ou deux fois dans ce cours, mais consultez définitivement le projet nf-core. Il existe plus d'une centaine de pipelines pour différents types de données, il est donc tout à fait possible que vous n'ayez pas besoin de construire votre propre pipeline.
Il existe également près de mille cinq cents modules de processus où, si vous utilisez les outils de développement nf-core, vous pouvez créer un pipeline et importer ces modules en quelques secondes.
Seqera Platform¶
Enfin, une petite promotion pour Seqera Platform. C'est sans aucun doute la meilleure façon d'exécuter Nextflow en pratique, c'est une plateforme basée sur le cloud, mais vous connectez votre propre infrastructure de calcul, que ce soit votre propre compte cloud sur AWS, Google Batch ou Azure, ou même votre propre HPC. Le niveau gratuit est disponible pour tout le monde, et si vous êtes universitaire, vous pouvez postuler à notre programme académique pour un accès gratuit de niveau professionnel.
Seqera Platform va au-delà d'une simple interface graphique pour lancer et surveiller les workflows. Il existe également des outils supplémentaires tels que Data Studios pour exécuter des sessions interactives, et des outils fondamentaux tels que Fusion, qui offre un accès plus rapide et moins coûteux aux données dans le cloud.
Support et événements¶
N'oubliez pas, si vous rencontrez des difficultés, rendez-vous simplement sur community.seqera.io. Notre forum y est très actif, la communauté Nextflow est extrêmement forte et il y a presque toujours des personnes disponibles prêtes à vous aider, que ce soit pour la formation ou pour tout ce qui concerne votre utilisation quotidienne de Nextflow.
Et bien sûr, une excellente prochaine étape consiste à rejoindre l'un de nos événements communautaires, qu'il s'agisse d'un hackathon nf-core ou de l'un des événements Nextflow Summit. Ils sont très amusants, et ce serait vraiment agréable de vous y rencontrer et de discuter de votre utilisation de Nextflow.
Remerciements¶
Je tiens à remercier chaleureusement tous ceux qui ont participé à la rédaction de ce matériel de formation. Je l'ai présenté, mais en réalité, tout le travail a été effectué par l'équipe de formation chez Seqera. Plus particulièrement Geraldine, qui a consacré énormément de travail à la réécriture de ce matériel.
Également, Marcel, Ken, Adam, John, d'autres membres de l'équipe de développement scientifique et d'autres personnes de la communauté.
Questionnaire de satisfaction¶
Maintenant que vous avez terminé le cours, nous aimerions savoir ce que vous en avez pensé. Sur training.nextflow.io, vous trouverez un questionnaire de satisfaction sous la section Hello Nextflow.
Il ne comporte que quatre questions mais c'est vraiment important pour nous. Ne serait-ce que pour nous indiquer approximativement combien de personnes suivent la formation. Cela nous indique également si vous l'avez appréciée et si vous avez des suggestions, n'hésitez pas à les déposer à la fin. Nous lisons chaque soumission.
Si vous repérez des erreurs, tout est open source sur GitHub, vous pouvez donc créer une issue ou faire une pull request ou nous laisser un message sur le forum. Nous aimerions beaucoup savoir ce que vous en avez pensé et comment nous pourrions l'améliorer. Merci encore. Au plaisir de vous revoir bientôt.