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Devcontainers locaux

Traduction assistée par IA - en savoir plus et suggérer des améliorations

Si vous avez une installation Docker locale ou êtes prêt·e à en installer une, le moyen le plus simple de travailler localement avec ces supports est d'utiliser la fonctionnalité devcontainer de Visual Studio Code. Cette approche fournit tous les outils et dépendances nécessaires sans nécessiter d'installation manuelle.

Exigences

Pour utiliser la configuration devcontainer locale, vous aurez besoin de :

Votre installation Docker doit être en cours d'exécution avant de tenter d'ouvrir le devcontainer.

Pour vérifier que Docker buildx est disponible, exécutez :

docker buildx version

Si cette commande échoue, vous devrez installer l'extension buildx avant de continuer.

Instructions de configuration

Suivez ces étapes pour configurer votre environnement local en utilisant les devcontainers VS Code :

Installer l'extension « Dev Containers » dans VS Code

  • Ouvrez VS Code
  • Allez dans Extensions (Ctrl+Shift+X ou Cmd+Shift+X sur macOS)
  • Recherchez « Dev Containers »
  • Cliquez sur « Install »

Installation de l'extension Dev Containers dans VS Code

Cloner le dépôt :

git clone https://github.com/nextflow-io/training.git
cd training

Ouvrir le dépôt dans VS Code :

  • Lancez VS Code
  • Sélectionnez Fichier -> Ouvrir le dossier depuis le menu
  • Naviguez jusqu'au dossier du dépôt de formation que vous venez de cloner et sélectionnez-le
  • Cliquez sur Ouvrir

Rouvrir dans le conteneur

Si VS Code vous invite à « Reopen in Container », cliquez dessus. Sinon :

  • Appuyez sur F1 (ou Ctrl+Shift+P / Cmd+Shift+P sur macOS)
  • Tapez « Dev Containers: Reopen in Container »
  • Important : Lorsque vous êtes invité·e à sélectionner une configuration, choisissez la configuration devcontainer local-dev

Invite Rouvrir dans le conteneur

Sélection de la configuration locale

Attendez que le conteneur soit construit. Cela peut prendre quelques minutes la première fois car il télécharge et configure tous les composants nécessaires.

Une fois le conteneur construit et en cours d'exécution, vous aurez un environnement entièrement configuré avec tous les outils nécessaires installés, notamment :

  • Java
  • Nextflow
  • Docker
  • Git
  • Et toutes les autres dépendances requises pour la formation

VS Code avec devcontainer en cours d'exécution

Avantages de l'utilisation des Devcontainers

L'utilisation de l'approche devcontainer offre plusieurs avantages :

  • Cohérence : Assure un environnement de développement cohérent sur différentes machines
  • Simplicité : Toutes les dépendances sont préinstallées et configurées
  • Isolation : L'environnement de développement est isolé de votre système local
  • Reproductibilité : Tous ceux qui utilisent le devcontainer obtiennent la même configuration
  • Pas d'installation manuelle : Pas besoin d'installer manuellement Java, Nextflow et d'autres outils

Vérification de votre environnement

Une fois votre devcontainer en cours d'exécution, vous pouvez vérifier que tout est correctement configuré en exécutant :

nextflow info

Cela devrait afficher la version de Nextflow et les informations d'exécution, confirmant que votre environnement est correctement configuré.

Dépannage

Si vous rencontrez des problèmes avec la configuration du devcontainer :

  1. Assurez-vous que votre installation Docker (Docker Desktop, Colima, Docker Engine, etc.) est en cours d'exécution avant d'ouvrir le devcontainer
  2. Vérifiez que vous avez sélectionné la configuration local-dev lorsque vous y êtes invité
  3. Vérifiez que Docker buildx est installé et fonctionne en exécutant docker buildx version
  4. Si le conteneur ne parvient pas à se construire, essayez de le reconstruire en exécutant la commande « Dev Containers: Rebuild Container »
  5. Pour les problèmes persistants, consultez le guide de dépannage Dev Containers de VS Code