Premiers pas¶

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Démarrer un environnement de formation¶

Pour utiliser l'environnement préconstruit que nous fournissons sur GitHub Codespaces, cliquez sur le bouton « Open in GitHub Codespaces » ci-dessous. Pour d'autres options, consultez Options d'environnement.

Nous vous recommandons d'ouvrir l'environnement de formation dans un nouvel onglet ou une nouvelle fenêtre de navigateur (utilisez le clic droit, ctrl+clic ou cmd+clic selon votre équipement) afin de pouvoir continuer à lire pendant le chargement de l'environnement. Vous devrez garder ces instructions ouvertes en parallèle pour suivre le cours.

Notions de base de l'environnement¶

Cet environnement de formation contient tous les logiciels, le code et les données nécessaires pour suivre le cours de formation, vous n'avez donc rien à installer vous-même.

Le codespace est configuré avec une interface VSCode, qui comprend un explorateur de système de fichiers, un éditeur de code et un terminal shell. Toutes les instructions données pendant le cours (par exemple « ouvrir le fichier », « modifier le code » ou « exécuter cette commande ») font référence à ces trois parties de l'interface VSCode, sauf indication contraire.

Si vous suivez ce cours par vous-même, veuillez vous familiariser avec les notions de base de l'environnement pour plus de détails.

Exigences de version¶

Cette formation fonctionne avec Nextflow 25.10.2 ou version ultérieure avec l'analyseur de syntaxe v2, qui est le comportement par défaut à partir de Nextflow 26.04. Dans notre environnement de formation, vous n'avez rien à faire : il exécute Nextflow 26.04.4 avec l'analyseur v2. Si vous utilisez un environnement local ou personnalisé, consultez les notes de version.

La formation nécessite en outre nf-core tools 4.0.2. Si vous utilisez une version différente des outils nf-core, vous pourriez rencontrer des difficultés à suivre.

Vous pouvez vérifier quelle version est installée dans votre environnement à l'aide de la commande nf-core --version.

Compatibilité avec l'analyseur v2

De nombreux pipelines nf-core ne prennent pas encore en charge l'analyseur de syntaxe v2. Si vous exécutez un pipeline nf-core autre que ceux utilisés dans ce cours et rencontrez des erreurs, vous devrez peut-être passer à l'analyseur v1 en définissant export NXF_SYNTAX_PARSER=v1. Consultez les notes de version pour plus de détails.

Préparez-vous à travailler¶

Une fois votre codespace en cours d'exécution, vous devez faire deux choses avant de vous plonger dans la formation : définir votre répertoire de travail pour ce cours spécifique et examiner les ressources fournies.

Définir le répertoire de travail¶

Par défaut, le codespace s'ouvre avec le répertoire de travail défini à la racine de tous les cours de formation, mais pour ce cours, nous travaillerons dans le répertoire hello-nf-core/.

Changez de répertoire maintenant en exécutant cette commande dans le terminal :

cd hello-nf-core/

Astuce

Si pour une raison quelconque vous sortez de ce répertoire (par exemple, votre codespace se met en veille), vous pouvez toujours utiliser le chemin complet pour y revenir, en supposant que vous exécutez ceci dans l'environnement de formation Github Codespaces :

cd /workspaces/training/hello-nf-core

Ensuite, explorez le contenu de ce répertoire.

Explorer les ressources fournies¶

Vous pouvez explorer le contenu de ce répertoire en utilisant l'explorateur de fichiers sur le côté gauche de l'espace de travail de formation. Alternativement, vous pouvez utiliser la commande tree.

Tout au long du cours, nous utilisons la sortie de tree pour représenter la structure et le contenu des répertoires sous une forme lisible, parfois avec des modifications mineures pour plus de clarté.

Ici, nous générons une table des matières jusqu'au deuxième niveau :

tree . -L 2

Contenu du répertoire

.
├── custom.config
├── greetings.csv
├── malformed_samplesheet.csv
├── my_params.yml
├── original-hello
│   ├── hello.nf
│   ├── modules
│   └── nextflow.config
└── solutions
    ├── composable-hello
    ├── core-hello-part2
    ├── core-hello-part3
    ├── core-hello-part4
    ├── core-hello-part5
    └── core-hello-start

Cliquez sur la case colorée pour développer la section et afficher son contenu. Nous utilisons des sections repliables comme celle-ci pour inclure la sortie de commande attendue de manière concise.

Le fichier greetings.csv est un CSV contenant des données colonnes minimales que nous utilisons à des fins de test.
Le fichier custom.config est un exemple de fichier de configuration Nextflow utilisé dans la Partie 1 pour illustrer les remplacements de ressources de processus et ext.args.
Le fichier malformed_samplesheet.csv est une feuille d'échantillons intentionnellement incorrecte utilisée dans la Partie 1 pour illustrer la validation des entrées.
Le fichier my_params.yml est un exemple de fichier de paramètres utilisé dans la Partie 1 pour illustrer comment passer des paramètres booléens à un pipeline.
Le répertoire original-hello contient une copie du code source produit en suivant la série de formation complète Hello Nextflow (avec Docker activé).
Le répertoire solutions contient les scripts de workflow complétés qui résultent de chaque étape du cours. Ils sont destinés à être utilisés comme référence pour vérifier votre travail et résoudre les problèmes éventuels.

Liste de vérification de préparation¶

Pensez-vous être prêt·e à vous lancer ?

Je comprends l'objectif de ce cours et ses prérequis
Mon environnement est opérationnel
J'utilise nf-core tools 4.0.2 (à vérifier avec nf-core --version)
J'ai défini mon répertoire de travail de manière appropriée

Si vous pouvez cocher toutes les cases, vous êtes prêt·e à commencer.

Pour continuer vers la Partie 1, cliquez sur la flèche dans le coin inférieur droit de cette page.