Formation Nextflow¶
Bienvenue sur le portail de formation de la communauté Nextflow !
Nous proposons plusieurs formations distinctes sur ce site. Faites défiler vers le bas pour trouver celle qui vous convient!
Les formations listées ci-dessous sont conçues comme des ressources en libre-service ; vous pouvez les suivre à votre rythme (voir la section "Configuration de l’environnement" pour les détails pratiques). Vous pouvez toutefois en tirer encore plus profit en participant à une session de formation en groupe.
- Des événements en ligne gratuits sont régulièrement organisés par la communauté nf-core. Consultez la page des événements nf-core pour en savoir plus.
- Seqera (l'entreprise qui développe Nextflow) propose divers événements de formation. Consultez la page Événements Seqera pour trouver les "Seqera Sessions" et les "Nextflow Summit".
- Notre équipe communautaire organise également régulièrement des formations via des organisations partenaires ; les annonces et inscriptions sont généralement gérées par ces dernières.
Quand vous êtes prêt·e à commencer, cliquez sur le bouton "Open in GitHub Codespaces" (présent sur cette page ou sur la page d’accueil de la formation choisie) pour ouvrir un environnement de formation en ligne (nécessite un compte GitHub gratuit).
Configuration de l’environnement de formation¶
Environment Setup
Configurez votre environnement pour la première fois.
Instructions pour configurer votre environnement afin de suivre les formations (tous les cours). Introduction à GitHub Codespaces et alternatives pour une installation locale.
Commencer la formation sur la configuration de l’environnement
Nextflow pour les débutant·es¶
Ces cours de base, indépendants du domaine, s’adressent à celles et ceux qui découvrent totalement Nextflow. Chaque cours est constitué de modules conçus pour développer les compétences progressivement.
Hello Nextflow
Apprenez à développer des pipelines avec Nextflow.
Matériel vidéo disponible.
Ce cours s’adresse aux débutant·es qui souhaitent apprendre à développer leurs propres pipelines. Il couvre les composants essentiels du langage Nextflow afin de permettre la création de pipelines simples mais fonctionnels. Il inclut également des éléments clés de conception, développement et configuration.
Hello nf-core
Apprenez à développer des pipelines compatibles nf-core.
Ce cours s’adresse aux débutant·es souhaitant apprendre à utiliser et développer des pipelines conformes à nf-core. Il présente la structure des pipelines nf-core et les bonnes pratiques de développement.
À venir : "Nextflow Run" — Apprenez à exécuter des pipelines Nextflow (exécution uniquement, sans développement)
Nextflow pour la science¶
Ces cours montrent comment appliquer les concepts du cours "Hello Nextflow" à des cas d’usage scientifiques spécifiques.
Nextflow for Genomics
Apprenez à développer un pipeline de génomique avec Nextflow.
Ce cours s’adresse aux chercheur·euses souhaitant créer leurs propres pipelines de génomique. Il utilise un exemple d’appel de variants pour illustrer la création d’un pipeline simple mais fonctionnel.
Nextflow for RNAseq
Apprenez à développer un pipeline RNAseq avec Nextflow.
Ce cours s’adresse aux chercheur·euses souhaitant créer des pipelines RNAseq. Il utilise un cas d’analyse de bulk RNAseq pour démontrer le développement d’un pipeline fonctionnel.
Faites-nous savoir quels autres domaines ou cas d’usage vous aimeriez voir couverts en postant sur la section Formation du forum de la communauté.
Formation approfondie Nextflow¶
Ces cours montrent comment utiliser les fonctionnalités de Nextflow de manière plus détaillée ou à un niveau plus avancé. Chaque cours est composé d’un ou plusieurs modules conçus pour aider les apprenant·es à perfectionner leurs compétences sur les sujets correspondants.
Quêtes secondaires
Modules de formation sur divers sujets d’intérêt.
Ce cours s’adresse aux développeur·euses Nextflow souhaitant élargir leur champ de compétences et/ou approfondir leurs connaissances. Bien que les modules soient présentés de manière linéaire, les apprenant·es peuvent les suivre dans n’importe quel ordre. Toute dépendance à des composants ou compétences dépassant le cadre du cours "Hello Nextflow" est indiquée dans l’introduction du module concerné.
Formation Fondamentaux
Matériel de formation complet pour explorer l’ensemble des fonctionnalités de Nextflow.
Le cours sur les fondamentaux couvre tous les aspects de Nextflow. Il est conçu comme une ressource de référence pour toute personne souhaitant construire des workflows complexes avec Nextflow.
Formation Avancée
Matériel de formation avancé pour maîtriser Nextflow.
Ce cours approfondit les fonctionnalités les plus avancées du langage et de l’environnement d’exécution Nextflow, et explique comment les utiliser pour créer des workflows efficaces, évolutifs et adaptés aux traitements intensifs de données.
Autres / Expérimental¶
Ce sont des formations qui ne sont plus activement dispensées ou maintenues et que nous pourrions réutiliser ailleurs ou supprimer dans un avenir proche. Les supports correspondants ne sont pas disponibles dans l’environnement de formation. Vous pouvez toutefois les retrouver dans le dépôt GitHub et les télécharger pour une utilisation locale.
-
nf-customize — Configuration des pipelines nf-core (docs / code)
-
hands-on (rnaseq) — Développement d’un pipeline pour l’analyse bulk RNAseq (obsolète) (docs / code)
Resources¶
Référence rapide de quelques liens utiles:
| Référence | Communauté |
|---|---|
| Nextflow Docs | Nextflow Slack |
| Nextflow Homepage | nf-core |
| Seqera | Seqera Community Forum |
Vous ne savez pas où aller ? Consultez la page Obtenir de l'aide.
Crédits et contributions¶
Ce matériel de formation est développé et maintenu par Seqera et publié sous une licence open source (CC BY-NC-ND) au bénéfice de la communauté. Vous êtes libre de réutiliser ces ressources conformément aux conditions de la licence. Si vous êtes formateur·trice et que vous organisez vos propres sessions, nous serions ravis d’avoir votre retour sur votre expérience et de savoir ce que nous pourrions faire pour vous faciliter la tâche.
Nous accueillons avec plaisir les corrections et améliorations proposées par la communauté. Chaque page comporte une icône en haut à droite qui vous redirige vers GitHub, où vous pouvez proposer des modifications du contenu via une pull request.
